В то же время, рождение наследника дало возможность великому князю окончательно расправиться со своими врагами. В 1531 г. был созван новый собор на Максима Грека и его сподвижника Вассиана Патрикеева. Последний был обвинен в том, что «развратил, по своему разуму» великую святую книгу Кормчую и хулил русских чудотворцев, не видя в них святости. Максим Грек вновь был обвинен за неправильные переводы священных книг и критику в адрес русских монастырей, владевших землями с крестьянами и всевозможными богатствами.
В итоге Максима Грека сослали в Тверской Отрочь монастырь, а Вассиана Патрикеева – в Иосифо-Волоколамский монастырь, где он вскоре умер.
Рождение наследника побудило Василия вновь заставить ненадежных князей дать крестоцеловальную запись не только себе, но и жене и сыну. В 1531 г. ее дали новгородцы и братья великого князя Юрий и Андрей. Некоторые иностранные источники сообщали, что отношения между сыновьями Ивана III становились все более напряженными.
После рождения сына великий князь занялся обустройством более близкой к столице, чем Александрова слобода, загородной резиденции – Коломенского. 3 сентября 1532 г. там был торжественно освящен великолепный храм Вознесенья. Пир по поводу этого события продолжался три дня, и на нем присутствовали все великокняжеские родственники.
Вскоре после этого события, 30 октября, Елена Глинская родила второго сына, получившего имя Юрий (таков был обычай в великокняжеской семье). Правда, позднее выяснилось, что ребенок глухонемой и в умственном отношении не совсем полноценен.
Имея двух сыновей, Василий III мог уже не бояться за судьбу престола – он должен был достаться его сыновьям, а не братьям или возможным племянникам. Поэтому он разрешил своему младшему, наиболее послушному, брату Андрею жениться. Свадьба состоялась 2 февраля 1533 г. Женой Андрея Старицкого стала Ефросиния Андреевне Хованская, дочь одного из знатных, но довольно бедных князей Гедиминовичей. Правда, Василий не смог предвидеть, что родившиеся в этом браке дети создадут большие проблемы и сложности для его сына Ивана.
Юрию же Дмитровскому жениться так и не пришлось. Запрет старшего брата, видимо, был одним из поводов для натянутых отношений между ними.
Осень 1533 г., казалось, не предвещала никаких трагических событий в великокняжеской семье. В конце сентября, как обычно, Василий III с женой и детьми отправился на богомолье в Троице-Сергиев монастырь. Затем он поехал на Волок на охоту. Во время поездки он почувствовал боль в левом бедре и обнаружил маленький прыщик. Предположительно у него начинался периотонит. С каждым днем великому князю становилось все хуже. Проведенное лекарями лечение привело лишь к тому, что на месте прыща образовалась опухоль, и из нее стал в большом количестве вытекать гной. Чувствуя, что состояние здоровья становится угрожающим, Василий повелел доставить завещание и созвать виднейших бояр. На совещании 26 октября был обсужден текст нового завещания.
Только 23 ноября великому князю с большими муками удалось вернуться в Москву. Сразу же к больному были вызваны видные бояре и родственники: братья Андрей и Юрий, В. В. Шуйский, М. Ю. Захарьин, М. С. Воронцов и другие. Они были ознакомлены с завещанием великого князя. Наследником объявлялся старший трехлетний сын Иван. Его опекунами – ближайшие родственники: князья Д. Ф. Бельский и М. Л. Глинский. Великой княгине было приказано «под сыном своим государство держати до возмужания его». Младший сын Юрий получил в удел Углич. Вскоре после этого, в ночь с 3 на 4 декабря 1533 г., Василий III скончался.
Подводя итоги 28-летнего правления Василия III, следует отметить, что он был достойным наследником всех славных начинаний отца по созданию Русского национального государства. При нем продолжалось «собирание земель»: в 1510 г. был окончательно присоединен Псков, около 1521 г. перестало существовать Рязанское княжество, ликвидировались уделы. В 1513 г. после смерти Фёдора Волоцкого его владения отошли к великому князю, в 1518 г. не стало Калужского удела Семена Ивановича, в 1521 – Углицкого удела Дмитрия Ивановича. Вскоре после смерти Василия, в 1533 г., был арестован Юрий Дмитровский, а в 1537 г. – Андрей Старицкий. Ликвидация уделов стала возможной лишь потому, что великий князь запрещал братьям жениться и они умирали без наследников (исключением стал только Андрей Старицкий, имевший сына Владимира и дочь Марию).
Василий III смог расширить владения и за счет присоединения бывших владений Великого княжества Литовского. В упорной борьбе был завоеван Смоленск. Благодаря умелой дипломатической политике государя, удалось закрепить за Русским государством и этот стратегически важный город, и северские земли, ранее присоединенные Иваном III.