Однако вскоре великий князь понял, что, если ничего не менять, то наследником станет его брат Юрий Дмитровский, постоянный соперник во всех делах. Кроме того, он обнаружил, что обласканный им Максим Грек отнюдь не стремится быть его помощником, более того, своей критикой очерняет в глазах подданных и, используя друзей, ссорит с турецким султаном. Василий же в борьбе с Крымом именно дружбу с султаном хотел использовать в качестве своей главной «козырной карты».
В итоге по инициативе великого князя в 1525 г. над Максимом Греком и его сторонниками был устроен суд. Во время процесса их обвинили в том, что они восхваляли «басурманские обычаи» и хулили порядки в Русском государстве. Кроме того, они якобы ссылались с пашами и провоцировали их напасть на русские земли.
Приговор был достаточно суров: И. Н. Берсень-Беклемишев, сын боярский и дипломат, был казнен, Максим Грек и его окружение были сосланы под надзор в Иосифо-Волоколамский монастырь.
Некоторые исследователи полагают, что строительство Новодевичьего монастыря также было связано с вопросом о разводе великого князя. Поскольку прямой вины Соломонии ни в чем не было, то ссылать ее в отдаленный монастырь, вроде, не следовало, но и постригать в Вознесенском кремлевском монастыре было нельзя. Поэтому Василий решил построить для бывшей жены новый монастырь рядом со столицей. Строительство началось в мае 1524 г. и было завершено через год. В ноябре 1525 г. под именем София Соломония была пострижена. Возможно, если бы она со смирением отнеслась к своей участи, то оказалась бы в Новодевичьем монастыре. Но она растоптала монашеское одеяние и долго сопротивлялась, не желая принять постриг. Поэтому после пострига в московском Рождественском монастыре она была отправлена в Покровский монастырь в Суздале.
Во время развода с Соломонией у Василия III уже была на примете невеста. Ею стала Елена, юная и красивая племянница знаменитого Михаила Глинского, который помог русскому войску овладеть Смоленском, но потом попал в опалу. Свадьба состоялась 21 января 1528 г. в Кремле. По непонятной причине никто из родственников невесты на нее не был приглашен.
Следует отметить, что новая жена имела глубокие родовые корни. Свой род Глинские вели от хана Большой Орды Ахмата, кроме того, имели в роду знатных сербов П'eтровичей и многих литовских князей. Этим браком великий князь как бы реабилитировал себя в глазах много сделавшего для него Михаила Глинского, отводя ему роль опекуна своих будущих детей.
Но долгожданные наследники в новом браке появились далеко не сразу. Этим воспользовалась Соломония (Софья) и стала распространять слухи о том, что родила сына Юрия. Таким способом она хотела реабилитировать себя в глазах общественности и очернить бывшего мужа. Но вряд ли этот ребенок существовал в действительности. В предполагаемой могиле мальчика археологи нашли лишь детскую одежду.
После женитьбе на Елене Глинской Василий несколько изменил свой двор. В феврале 1527 г. из тюрьмы был выпущен Михаил Глинский. Его тут же женили на дочери князя И. В. Оболенского. Видное место при государе занял бывший литовский князь Ф. И. Мстиславский. Он даже получил в жены племянницу великого князя, дочь татарского царевича Петра и Евдокии Ивановны, и таким образом породнился с ним. Возвышая литовских князей, Василий проводил политику закрепления их при своем дворе. Для этого он использовал поручные записи и крестоцелование. Так, Михаил Глинский должен был поцеловать крест государю и дать ему клятву верности. Кроме того, целая группа видных князей и дворян должна была нести личную ответственность за действия Глинского. В случае его бегства им следовало выплатить 5 тыс. руб. самым знатным князьям Д. Ф. Бельскому, В. В. Шуйскому и Б. И. Горбатову.
Те, в свою очередь, лично отвечали перед великим князем. Аналогично прикреплен к трону был и Ф. И. Мстиславский.
Василий даже запретил князьям переходить на службу к своим братьям и всех ослушников сурово наказывал. Это новое явление, появившееся при Иване III и развивавшееся при его преемнике, свидетельствовало об усилении самодержавия в Русском государстве.
Поскольку часть русского духовенства, преимущественно нестяжательского направления, осудила второй брак Василия, то после женитьбы на Елене Глинской он начал опираться на иосифлян во главе с митрополитом Даниилом. Это привело к тому, что в 1526 г. новым новгородским архиепископом стал лужицкий архимандрит Макарий (впоследствии митрополит), ростовским архиепископом – Кирилл, пермским епископом – Алексей.
Наконец 25 августа 1530 г. произошло то радостное событие, которого великий князь ждал все свое правление – у него родился сын Иван. 4 сентября в Троицком монастыре он был крещен. На радостях Василий простил всех опальных, в числе которых за разные проступки в разное время входили: Ф. И. Мстиславский, М. Д. Щенятев, Б. И. Горбатый, М. А. Плещеев, Я. Л. Морозов и др.