Преемником владыки Иринарха стал выдающийся деятель Церкви, историк и богослов, епископ Филарет (Гумилевский). Православное духовенство поддерживало движение в сторону Православия, переводило нужные христианские книги на латышский и эстонский языки, усилило катехизаторство, при этом строго соблюдались все необходимые формальности при переходе в Православие. Но противодействия со стороны лютеран тоже усилились. Крестьян обвиняли в том, что они, прикрываясь религиозными мотивами, запускают свои хозяйственные обязанности и пр.
Правительство вынуждено было издать распоряжение о приостановке приема в Православие на время сельских работ, затем — о шестимесячном сроке между заявлением о переходе и присоединением к Православию. За это время лютеране имели возможность оказать усиленное давление на желающих присоединиться к Православию.
Если в 1845 году число обращений доходило до 14 с лишним тысяч, в 1847 году — до 55 тысяч, то после этих распоряжений процесс присоединенния к Православию резко затормозился.
Владыка Филарет, тем не менее, не ослаблял усилий по поддержке этого движения. Он открыл много новых приходов, вызвал большое количество нужных на священнические места людей. В 1847 году в Риге было открыто духовное училище с преподаванием на местных языках. Все это не могло нравиться лютеранам. Их сопротивление, а точнее — происки, привели к тому, что в 1848 году владыка был переведен в Харьков.
Внимание к положению дел в Прибалтийском крае резко усилилось благодаря трудам Ю. Самарина (Он служил по министерству внутренних дел в Риге).
Преемником владыки Филарета был тоже известный иерарх Платон (Городецкий), впоследствии митрополит Киевский. С 1850 года он стал во главе самостоятельной Рижской епархии. Владыка удвоил число церквей, поднял благосостояние духовенства, рижское духовное училище было преобразовано в семинарию. За время его правления паства увеличилась на 41.000 человек.
Новое интенсивное обращение латышей и эстов в Православие началось в начале 80-х годов, со вступлением на престол Александра III, поддерживавшего в западных окраинах Православные русские начала. Изменилась и местная администрация. Губернатором стал патриотически настроенный князь С. Шаховской. Его супруга в 1892 году основала в Пюхтице (Эстляндской) женский монастырь, при котором были устроены школа, приют, мастерская иконописи, золотошвейная, швальня.
С 1883 по 1891 гг. число принявших Православие возросло на более чем 20.000 человек. В Риге имелись монастыри:
Последней обители принадлежала Преображенская пустынь недалеко от Митавы. В Иллуксте в 1816 году был основан мужской монастырь, преобразованный в 1880 году в женский. К нему был приписан Свято-Духов монастырь в Якобштадте, основанный в XVII веке и упраздненный в 1866 году. В нем пребывала Якобштадтская чудотворная икона Божией Матери.
В Финляндии.
Особое внимание правительства в конце XIX века было обращено на положение православной Церкви в Финляндии. В этом великом княжестве, присоединенном к России в 1809 году после удачной войны со Швецией, провинцией которой она являлась, православная Церковь всецело должна была подчиняться финляндским властям и законам, блюдшим полностью лютеранские интересы.
Подчиненные Синоду в общецерковных вопросах, православные общины в своих внутренних делах были вполне подчинены местным губернаторам и финляндскому сенату — лютеранскому правительству.
Таким образом, православная Церковь в Финляндии, в отличие от всей остальной Российской империи, была в положении не господствующей, а зависимой.
Выборгские викарии (Петербургской епархии), впервые назначенные в 1856 году, проживая в Петербурге и занятые ректорскими обязанностями в Академии, редко посещали своих пасомых. Православное духовное управление более считалось с местным гражданским правлением, для которого Православная Церковь была только терпимым исповеданием.
Улучшение наступило со времени учреждения в 1892 году самостоятельной Финляндской кафедры, во главе которой стал выдающийся церковный деятель архиеп. Антоний (Вадковский). При его вступлении в управление епархией дела церковные были в сильном расстройстве. Церкви — в упадке, хозяйство — тоже, просветительная деятельность не существовала вовсе, паства жила без пастыря.
При владыке Антонии православно-русский дух в населении окреп. Началось повсеместное церковное строительство, организовывались церковно-просветительские союзы. В 1898 году владыку назначили митрополитом Петербургским и вскоре — первенствующим членом Синода. Преемниками его были: Николай и (с 1905) Сергий (будущий Патриарх Московский).
Неоценимое значение для православного населения Финляндского края и для Православия в целом имели находившиеся в его пределах знаменитые обители:
В Сибири.