Упорнее всех против христианства были самоеды. Они не только крепко держались язычества, но жестоко преследовали новообращенных инородцев. В 1740 году к ним были посланы миссионеры из Архангельска, но успехи были незначительные.
Особенно оживилась миссионерская деятельность в Сибири с созданием новых миссий при Николае I.
В Западной Сибири первая рационально организованная миссия была открыта в 1828 году по почину Тобольского архиепископа Евгения (Казанцева). Во главе ее поставлен был архим. Макарий (Глухарев), бывший ректор костромской семинарии. Миссионерские интересы миссии простирались на Алтай, еще не знавший христианства, населенный татарами, калмыками и другими дикими инородцами, большей частью язычниками. За 14 лет было обращено в христианство 675 человек, устроено три миссионерских стана с двумя церквами и одной часовней. Архим. Макарий основал также:
Дело архим. Макария продолжал прот. Стефан Ландышев и, особенно, архим. Владимир (Петров). За 18 лет служения миссии архим. Владимир открыл более 10 начальных школ, а число учеников в них выросло в пять раз. Он основал в Улале центральное миссионерское училище с обучением иконописанию, переплетному мастерству и сельскому хозяйству. Он переводил и всячески содействовал переводам на алтайский язык церковных и религиозно-нравственных книг.
При нем было построено 28 церквей и молитвенных домов, устроены свечной завод и типография, а также миссионерская больница и аптека. Он основал 19 новокрещенских поселений с оседлым образом жизни.
К 1895 году алтайская миссия имела:
Вокруг станов оседлое жительство имели более 10.000 кочевников. В дальнейшем огромную деятельность развил начальник миссии архим. Макарий (Невский), прозванный “Апостолом Алтая.”
В 1882 году из Алтайской миссии была выделена самостоятельная Киргизская миссия, с центром в Семипалатинске.
В царствование Николая I возникли новые миссии:
При Александре II были образованы:
В
К 1890 году миссия имела уже 18 станов, и число обращенных достигало 35.000 душ. Миссия имела также 14 школ, несколько благотворительных учреждений и оказывала сильное благотворное влияние на гражданский быт новокрещенных.
Во главе Забайкальской миссии с самого начала стоял епископ Селенгинский Вениамин (Благонравов). К 1890 году число станов в этой миссии достигло 22 при 25 школах. При Посольском монастыре было открыто центральное миссионерское училище, мастерская иконописи, богадельня, аптека. Наибольшее число обращений было среди тунгусов, якутов и карагезов.
В Камчатском крае в 1840 году была открыта особая епархия. Первым ее епископом стал выдающийся и самоотверженный миссионер, просветитель Аляски, Иннокентий (Попов-Вениаминов).
В течение 27-летнего епископства владыка Иннокентий объездил всю Восточную Сибирь. Его миссионерские интересы охватывали огромную территорию Камчатского, Якутского и Амурского краев. В Якутской области он завел богослужение на местном языке. На Чукотке в 1850 году была открыта новая миссия для обращения чукчей, ламутов, юкагиров и других племен севера. В 1855 году владыка основал Амурскую миссию. Главным помощником его в миссионерских трудах были священники Гавриил Вениаминов (сын владыки) и Иннокентий Громов.