В 1880 году о. Николай был рукоположен во епископа Японского. В 1895 году Японская Церковь насчитывала 220 общин и свыше 22.500 членов. Их обслуживали 28 священников. Школа в Токио была преобразована в семинарию и в 1882 году сделала первый выпуск. В 1889 году двое выпускников были направлены в русские духовные Академии. Имелись также школы: катехизаторская, причетническая, женская и несколько низших училищ.
Миссия развила интенсивную переводческую деятельность, издавала три духовных журнала. Богослужение совершалось на японском языке. Материальную помощь миссии оказывал Синод. Труды миссии облегчились провозглашением в Японии в 1889 году полной свободы веры.
В Китае.
По предложению митр. Филофея Тобольского, с согласия богдыхана, в 1715 году была отправлена первая русская миссия в Пекин. Она состояла из 10 человек под начальством архим. Илариона (Лежайского). Богдыхан принял ее благосклонно, дал содержание и позволил совершать богослужение в каменной церкви при Русской роте.
В 1721 году туда был направлен даже епископ, св. Иннокентий, но он не был пропущен в Китай.
Трактатом России с Китаем 1728 года содержание миссии было отнесено на счет русского правительства. Состав миссии определили в 10 человек (4 духовных и 6 светских) с заменой каждые 7 лет. В своей деятельности она ограничивалась пределами русской паствы, не занимаясь пропагандой и политикой (в отличие от западных миссий), чем заслужила полное доверие подозрительных китайцев. Долгое время миссия служила удобной посредницей в дипломатических отношениях между Россией и Китаем.
В 1805 году для Русской православной миссии в Китае были учреждены новые штаты и срок пребывания ее членов в Китае продлен с 7 до 10 лет.
В этом же году начальником миссии был назначен архим. Иакинф (Бичурин). Пробыв в Пекине более 14 лет, он досконально изучил китайский язык, историю страны, ее нравы и обычаи.
По Айгунскому трактату 1858 года китайское правительство дало миссии полную свободу действий и обязалось не преследовать своих подданных за принятие христианства.
Со времени открытия Русской Дипломатической Миссии в 1861 году Духовная Миссия, осуществлявшая до этого дипломатические сношения с Китаем, полностью отдала свои силы непосредственной миссионерской деятельности. Усилилась ученая и переводческая работа. Оживилась проповедь на китайском языке и преподавание в местной миссионерской школе. Паства Миссии резко возросла. В 1885 году имелись две церкви в Пекине, храм на юге Китая, в Ханькоу, и храм в деревне Дун-Дуньань.
Из среды членов пекинской миссии вышли многие авторитетные синологи. В последние десятилетия XIX и первые XX века начальником миссии были:
Среди калмыков, киргизов, самоедов.
Кроме инородцев Поволжья и Сибири действия миссионеров простирались на калмыков, постепенно переселявшихся в Россию, на племена вновь присоединившихся к России районов Средней Азии, Сибири, Кавказа.
Калмыки проживали в нижних районах Поволжья и в Прикаспийских степях. В 1700 году из новокрещенных образовалось целое село на р. Терешке. Хан Аюк сжег это селение и увел калмыков обратно в улусы. Тогда крещенных калмыков стали посылать на Дон к казакам. В 1710 году на Дон перешло 10.000 калмыков. Аюк протестовал, но новокрещенные возвращены не были. По договору императора с Аюком, за каждого крещенного калмыка, становившегося после крещения свободным, владелец получал 30 рублей (более-менее точно этот договор соблюдался до Екатерины II).
После смерти Аюка (1724), внук его Тайшим крестился в Петербурге с именем Петра Петровича. Восприемником его был сам император Петр I. Он кочевал с 344 кибитками. Петр дал ему походную церковь, Синод — облачения.
С ханом был отправлен во главе миссии иером. Никодим (Линкевич), хорошо знавший местный язык. В течение 10 лет миссия крестила 1.700 человек. В 1730 году правительство дало новокрещенным землю по Волге выше Самары, где для них был основан г. Ставрополь. Здесь о. Никодим крестил всю орду. Миссия была расширена. К походным церквам были определены священники. Для перевода Нового Завета и молитв на калмыцкий язык был назначен переводчик.