В г. Благовещенске, где с 1857 года находилась кафедра, владыка Иннокентий учредил духовное училище. В 1860 году его миссионерская деятельность распространилась и на Уссурийский край, отошедший от Китая к России. Владыка устраивал миссионерские станы, строил церкви и школы, выписывал книги на местных языках, содействовал новым переводам. При его непосредственном участии Священное Писание было переведено на алеутский, курильский и якутский языки.
В 1868 году владыка Иннокентий был назначен на Московскую кафедру и стал председателем Миссионерского общества. Его преемником был владыка Вениамин (Благонравов). В 1870 году он устроил в Благовещенске полную семинарию.
Учеником и сподвижником владыки Иннокентия был священник (впоследствии епископ Якутский) Дионисий (Хитров). Тысячи верст исходил он с походной церковью на пространстве от р. Индигирки до Анадырки. Плодом этих странствий стало обращение ко Христу тысяч инородцев. Он составил азбуку и грамматику якутского языка, сделал переводы на него священных, богослужебных и духовно-нравственных книг. Эти переводы были напечатаны в московской синодальной типографии под наблюдением самого епископа Дионисия.
На Американских островах.
На Алеутские острова христианство было принесено русскими времен экспедиции Беринга (†1741). Казак Андрей Толстых, открывший в 1743 году Андреяновы острова, начал крестить язычников.
Мещанин Глотов, открывший в 1759 году Лисьи острова, окрестил малолетнего сына одного из местных начальников. Получив образование на Камчатке, он вернулся в чине главного тоена (начальника) и много содействовал распространению здесь христианства. На острове Кадьяк христианскую веру насаждал основатель Американской торговой компании Григорий Шелехов, первый ктитор американских церквей. В 1787 году Шелехов испросил Синод и правительство отправить туда миссию и со своим компаньоном Голиковым брал ее на свое содержание.
Состав миссии был выбран из насельников Валаамского монастыря его настоятелем архим. Назарием, согласно указаниям митроп. Петербургского Гавриила (Петрова). Начальником был назначен иеромонах Иоасаф (Болотов), получивший полное семинарское образование.
В 1795 году миссия прибыла на о. Кадьяк и приступила к работе. Успехи были выше ожидаемых. Член миссии иером. Макарий огласил проповедью весь Уналашкинский архипалаг. Иером. Ювеналий по прибытии отправился на Нучен, окрестил более 700 человек, затем (в 1796) перешел на Аляску, где и окончил мученически свое служение.
На Еловом острове начал просветительскую деятельность, продолжавшуюся 40 лет, монах Герман (†1837). Он воспитывал сирот-алеутов, мальчиков и девочек, обучал их грамоте, рукоделию, таким образом подготавливая их ко крещению.
Начальник миссии архим. Иоасаф в 1799 году поставлен был в Иркутске епископом Камчатским и Американским. Возвращаясь на Кадьяк, он погиб вместе с экипажем корабля во время шторма. Алеутская миссия продолжала свою работу. С 1816 по 1820 годы возникли новые церкви на о. Ситхе, на Уналашке и Атхе.
При уналашкинской церкви в 1823 году начал свою миссионерскую деятельность переведенный туда из Иркутска священник Иоанн Вениаминов, будущий митрополит Московский, прозванный “Апостолом Аляски.” Он обращал алеутов, приучал их к плотничьему, столярному, слесарному и кузнечному ремеслам, научил их выделке кирпичей и каменной кладке. Он выстроил здесь церковь и распространил христианство по всем Алеутским островам. Он выучил шесть местных наречий и перевел Евангелие от Матфея, употребительные молитвы и песнопения, боролся с языческими пороками.
С 1858 по 1867 годы заботы об Алеутской пастве лежали на Камчатском викариатстве, а в 1870 году была учреждена самостоятельная Алеутская епархия с кафедрой в Сан-Франциско. Ей были подчинены все (на то время — 9) православные церкви в Америке.
В Японии.
Первые ростки Православия в Японии появились в 1860 году, когда иеромонах русского консульства в Хокадате Николай (Касаткин), изучив язык, верования и нравы японцев, принялся за переводы священных и богослужебных книг на японский язык.
Первым обращенным был жрец одной кумирни Павел Сваабе, ставший после обращения пламенным и самоотверженным проповедником христианства. Он, в свою очередь, обратил к вере японцев Якова Урано и Иоанна Сакай.
Своей живейшей проповедью эти три человека настолько подготовили почву для Православия, что уже в 1869 году отец Николай испросил у Синода разрешение на устройство миссии. Разрешение было получено, и начальником миссии был поставлен сам о. Николай с возведением его в сан архимандрита и подчинением Камчатскому архиерею.
В 1871 году в Хокодате и Токио (1872) заведены были миссионерские школы, давшие новых проповедников-катехизаторов. В 1875 году камчатским архиереем были посвящены первые священники из японцев — Николай Сваабе и Иоанн Сакай.