Настоящим просветителем Западной Сибири в XVIII веке считается митроп. Тобольский Филофей (Лещинский) (†1727). Приехав в Тобольск после рукоположения и назначения в 1702 году, он заметил в церковной жизни великие нестроения.
Он обратился за помощью к императору Петру: необходимо завести в Тобольске школы и учить грамматике славянской и латинской, в ученики понудить от всякого чина детей, завести типографию за счет государственной казны, печатать буквари, малые часословы и псалтири.
Ответ государя был более чем странным при его ратовании о просвещении: в учении достаточно славяно-российской грамматики, попы и диаконы должны знать катехизис и все, что относится к православной вере, но... “типографии в Тобольске не быть, а какие книги понадобятся, покупать в Москве.”
Что касается иноверцев, то тех, которые хотят креститься по доброй воле, принимать, а неволею никого не крестить. От налога новокрещенных не освобождать, строго спрашивать о причинах перехода в Православие. Тех, кто совершил смертные грехи, крестить, но затем учинить расследование согласно законам, “да всякие беззакония истребятся.”
Митрополиту Филофею помогали несколько ученых монахов, привезенных им из Киева. При нем крестились 40.000 остяков, вогулов и других иноверцев. Для них было построено 37 церквей.
Митрополит изъездил всю Западную Сибирь вдоль и поперек. Истреблял идолов, сотнями крестил народ. Проникал далеко на восток по Ангаре и Тунгуске, был за Байкалом. Одного из своих сподвижников, архим. Мартиниана, он отправил в 1705 году на Камчатку. Там была воздвигнута Успенская пустынь, но миссионерские успехи были незначительны.
В 1728 году в Успенскую пустынь была отправлена миссия под начальством игумена Иоанна. Вскоре миссионеры построили четыре храма и окрестили около 5.000 камчадалов.
При Елисавете Синод с разрешения Сената послал новую миссию на Камчатку. В нее входили:
За пять лет ими было окрещено еще до 5.000 человек. Студенты обучали детей крещенных закону Божию и русской грамматике. Заведены были три школы, где с успехом обучали даже рисованию. В 1748 году в них насчитывалось 200 учеников. Архим. Иоасаф написал для них краткий катехизис.
Миссия имела семигодичный срок. В 1750 году архим. Иоасаф оставил вместо себя начальником Пахомия. Он еще более умножил число училищ. Синоду доложил, что за исключением немногих камчадалы окрещены и нуждаются теперь в постоянных священниках и учителях.
Указом 1762 года дети крещенных по окончании школы исключались из податного состояния и принимались на государственную и духовную службу.
Новый подъем миссионерской деятельности в Сибири относится ко времени Елисаветы и к управлению Тобольской епархией владыки Сильвестра (Гловатского) (1749-1755). Но своими решительными действиями против мусульман он возбудил против себя тобольских и татарских иноверцев. По их жалобе была создана комиссия для расследования. Владыку перевели в Суздаль. Западно-Сибирская миссия стала слабеть. Некоторое время пытался поддержать ее митроп. Павел (Конюскевич), но при Екатерине II она пришла в полный упадок. Сильно повредила миссионерскому делу секуляризация монастырских имуществ: обители были средоточием миссионерской деятельности.
Для успешного распространения христианства в Восточной Сибири в 1706 году была открыта Иркутская епархия, до 1727 года входившая в состав Тобольской митрополии.
Из святителей ее особенно прославились на миссионерском поприще еп. Иннокентий (Кульчицкий) (с 1727 года). Он развил миссионерское дело среди бурят и монголов. Много забот уделял иркутскому училищу. В 1804 году он был причислен к лику святых.
Его преемник еп. Иннокентий (Нерунович) (с 1732 года) кроме бурят крестил много тунгусов и якутов. Новокрещенным даровалась свобода от податного состояния. Один верхотурский архим. Сильвестр обратил из язычества и мусульманства до 2.600 человек.
В 1748 году оставил язычество остяцкий князь Мурзин с семейством, после чего в христианство обратилось множество остяков.
В 1751 году старанием игумена Иова было крещено много бурят, тунгусов, вотяков и вогулов.
При имп. Анне Иоанновне Россия приобрела самую северо-восточную часть Сибири — землю диких чукоч и чаукчей. В 1799 году прот. Григорий Слепцов, испросив походную церковь, ходил по всей Якутской области, вплоть до Чаука.
При Екатерине II, когда миссионерское дело замирало, самоотверженно ревновал о нем прот. Кирилл Суханов. Выучившись тунгусскому языку, он с котомкой за плечами ходил к тунгусам Даурии. Он строил храмы, основывал училища, населял деревни бродячими до того тунгусами, воспитывал из них искренних христиан.