Несмотря на постепенную полонизацию и окатоличивание части литовской шляхты, основная масса населения оставалась православной, а великие князья покровительствовали и православной церкви. По словам С.В. Думина: «Поклоняясь в Литве священным дубравам и принося жертвы Перуну, на русских землях литовские князья окружали заботой православную церковь… Если ордынцы несли в завоёванные страны свою систему управления и эксплуатации, безжалостно уродуя местные общественные структуры, чтобы приспособить их для нужд своей империи, то литовские князья вели себя в русских княжествах так же, как в свое время варяги: принимали местные обычаи, управляли «по старине», сохраняли сложившуюся ранее систему собственности. Литовские феодалы усваивали язык и письменность восточных славян; постепенная славянизация коренных литовских земель, продолжавшаяся в течение нескольких столетий, всё больше ограничивала ареал распространения литовского языка… Именно язык восточнославянского населения этого государства стал официальным (фактически государственным) языком, сохранив этот статус до конца XVII в. Всё это закономерно предопределило… отношение к Великому княжеству его восточнославянского населения: оно с тем же правом, что и литовцы, считало это государство своим.» Между прочим, древнерусский язык сохранился в Литовской Руси лучше и чище, чем в Монгольской Руси. Своя вера, обычаи, социальные традиции, нормы, язык и культура сохранялись и развивались здесь намного полнее и успешнее, чем на подвластной Орде части Руси, изуродованной татарским гнётом и изолированной от Европы.
Православная церковь в Литовской Руси, не будучи господствующей и гонимой, развивалась в сторону демократизации своей структуры. Церковный епископ здесь, как и в Новгороде, был представителем всей общины: в Киеве, Львове, Полоцке и других городах он избирался вечем. Как отмечал А.Ю. Дворниченко, в ВКЛ: «Община контролировала церковную организацию во всех её звеньях. Церковные земли были общей волостной собственностью, а волостные священники – выборной общинной властью». В соборе города хранились важные документы, печати, уставные грамоты. В Киеве в 1458 году по просьбе Литовского князя патриархом константинопольским была учреждена наконец самостоятельная православная митрополия, управляющая епископствами Полоцким, Смоленским, Брянским, Туровским, Луцким, Владимирским, Холмским, Перемышльским, Галицким. Если в Монгольской Руси церковь, усиливавшаяся при поддержке ханов Золотой Орды, стала единолично господствующей политической и идейной силой, непримиримо относящейся к любому инакомыслию, то в Литовской Руси она сосуществовала и вела диалог с уходящим язычеством и распространяющимся католицизмом. По мнению С.В. Думина, «это, кажется, способствовало демократизации местной церковной жизни, в том числе возникновению православных братств, объединений горожан, ограничивавших власть духовенства в церкви, облегчало проникновение идей Возрождения».
В то же время окатоличивание правящей династии и элиты мешало завершить процесс объединения всей Руси вокруг Вильно и порождало порой острые внутренние конфликты в ВКЛ. Как подчёркивает С.В. Думин: «Последствия выбора, сделанного Ягайло в 1385 г., в полной мере ощутили его преемники в XV в., когда конфликт между Литвой и Московским государством постепенно стал приобретать не только политический, но отчасти и религиозный оттенок». Если до этого (в XIV веке) Вильно выступала в роли объединителя всей Руси и избавителя от ига монголов, а Москва – в роли сепаратистского центра и прислужницы и агента Орды, то в XV веке Москва смогла облечься в одеяние защитницы православной веры от польского «латинства». Однако, по справедливым словам С.В. Думина: «В Великом княжестве Литовском и Русском политика веротерпимости была единственно разумной и возможной, и католическое крещение язычников, лишив православие надежды на роль господствующей религии, не ущемило прав православного населения». После долгой борьбы, в 1563 году православное население ВКЛ было окончательно юридически уравнено в правах с католическим и протестантским.