Одной из главных задач политики Ивана III стало уничтожение Новгородской республики и оккупация новгородских земель. Как отмечает С.Ю. Шокарев, «укоренившиеся в этом городе-государстве демократические традиции Древней Руси представляли для формирующегося московского самодержавия одну из главных опасностей». А колоссальные богатства и земли Новгорода манили жадных московских правителей. Без власти над Новгородом не могло быть и речи о власти над Русью.
Уже при Василии III (в 1456 году) начинается военно-политическое подчинение Великого Новгорода Москве, ограничение его автономии. Единственной надеждой новгородцев на сохранение свободы и независимости была помощь дружественной Литовской Руси – ослабевшей к тому времени и едва ли способной на оказание эффективной поддержки новгородцам. Политика лавирования между Московской и Литовской Русью. проводимая Новгородом (как и Тверью), в итоге вела их к гибели. По мере уменьшения числа русских княжеств в XV веке, новгородцы теряли свободу маневра – какого князя пригласить к себе. Теперь их выбор сводился к пролитовской или промосковской ориентации. Литва была в это время (после Витовта) на спаде своих сил и никак не могла угрожать независимости Новгорода, его старым полуобветшавшим вечевым порядкам (но, как оказалась, не была способна и существенно помочь ему). Однако кое-кто в Новгороде был напуган распространением в Литовской Руси, наряду с православием, католицизма. Напротив, Москва представляла смертельную угрозу для независимости Новгорода и сохранения его традиций. Действовать надо было решительно и быстро. Поэтому в Новгороде в середине XV века решительно возобладали пролитовские и антимосковские настроения. Ближайшее будущее показало оправданность такого выбора новгородцев.
Антимосковскую группировку возглавила вдова посадника Исаака Борецкого Марфа Борецкая – героическая и энергичная женщина, вдохновенный оратор, влиятельный (хотя и неформальный) политик, подлинный лидер Новгорода в страшные и последние дни его свободы, глава могущественного и богатого боярского клана. (Напоминавшая Демосфена или Катона Младшего в их трагической, славной и обречённой борьбе за свободу своих полисов против надвигающихся империй). Отмечу особо: только в вечевых республиках Руси возможно было активное участие женщины некняжеского рода в публичной политике – здесь уровень свободы был пока несравненно выше, чем в Московии, перенявшей ордынские нравы, с её растущими всепоглощающими патриархально-авторитарными тенденциями, на многие века устранившими женщин из общественной жизни и загнавшими их в домостроевскую тюрьму-терем.
Однако усиливающиеся олигархические тенденции, эрозия институтов самоуправления, растущее социальное неравенство вели к тому, что многие рядовые новгородцы недальновидно не желали воевать за ставшие полупризрачными вечевые вольности (не ведая беспечно, какая страшная участь скоро ждёт их всех под игом Москвы). А новгородское ополчение было бессильно справиться с московским дворянским войском. К тому же новгородские «пригороды» (Торжок, Псков и другие), выслуживаясь перед московским князем и припомнив старые обиды, в решающий момент предали на гибель своего властного и гордого «старшего брата», не поддержали новгородцев в их отчаянном и отважном противостоянии московским захватчикам (и этим обрекли и себя самих на скорую и ужасную гибель).
В борьбе за Новгород Иван III умело использовал религиозные лозунги, представляя себя «защитником веры православной» в Новгороде, против литовцев, борцом с «отступниками от веры». Конечно же, его противники вовсе не выступали за католицизм, но лишь за военно-политический союз с Русью Литовской (которая в то время и не могла и не хотела присоединять к себе Новгород). Иван III же сумел представить этот союз как «измену вере» и русскому народу. (Подобно тому, как бояре, использующие своё старинное и дотоле нерушимое право отъезда от князя и уезжавшие в Литву, отныне осуждались, как «изменники»). Иван III в агрессии против Новгородской республики использовал не только религиозную фразеологию (борьба против «латынства» за «истинную веру»), но и социальную демагогию, делая вид, что покровительствует простым новгородцам против боярской олигархии. Эти лозунги – насквозь лживые и фальшивые – дали свои плоды, внеся разброд в нестройные ряды новгородцев.