Уже в 1479 году была предпринята отчаянная, решительная и героическая попытка восстановить независимость Новгорода, оккупированного Москвой. Восставшие горожане, прогнав московского наместника, надеялись, что Ивану III, занятому в это время войной с Ливонским Орденом, Литвой, Ордой и собственными мятежными братьями, будет не до Новгорода. Они восстановили вече, избрали посадника и тысяцкого. Но Иван III вновь с войском подступил к Новгороду и жестоко расправился с восставшими. Московские каратели перебили часть населения непокорного города. «Чистки» в Новгороде на протяжении 80-ых годов XV века Иван III повторял раз за разом – казня и ссылая множество новгородцев и захватывая их земли, на которых «испомещал» своих дворян. По мнению Б. Кагарлицкого: «Поражение Новгородской республики… свидетельствует, что российское государство развивалось по той же общей логике, что и остальная Европа, где абсолютная монархия тоже не могла объединить и упорядочить страну, не покончив с остатками средневековых вольностей».
За Новгородом последовали завоевания московитами остальных русских земель. В 1485 году Москва захватила Тверское княжество, поставив точку в долгом противоборстве этих двух центров Северо-Восточной Руси. Последний тверской князь Михаил едва успел бежать в Литовскую Русь, оставленный своими боярами, чутко державшими «нос по ветру» и вовремя сумевшими сориентироваться в ситуации и переметнуться к Ивану III. Ещё в 1463 году Иван III ликвидировал Ярославское княжество, а в 1477 году – Ростовское, захватив их территории. В 1489 году Иван III захватил вольную Вятку, а чуть позднее – далёкую Пермскую землю, И здесь активные противники Москвы были казнены, а жителей массово переселяли в центр Московии. На ханский трон в Казани был посажен московский ставленник.
Где подкупом бояр, где посредством династического брака, где через протекторат с завещанием умершим князем своего княжества Москве, где путем прямой военной агрессии, Москва вбирала в себя остатки независимых прежде русских земель, всемерно ослабляя и грабя их и посредством этого усиливаясь сама. При этом Иван III не делился (как было прежде) со своими братьями – удельными князьями – захваченными землями, и отвергал старинное право отъезда своих бояр к его же собственным родным братьям-князьям. Самодержавные принципы стремительно утверждались в Москве XV века. По словам В.О. Ключевского, «князья удельные превращались в князей служебных». Продолжая московские традиции, Иван III забирал уделы своих братьев и других родственников, их самих арестовывая или даже казня.
На всех захваченных землях московский государь проводил примерно одну и ту же политику, призванную ослабить присоединённые территории, разрушить существующее там общество, и возвысить Москву. По словам С.Т. Жуковского и И.Г. Жуковской: «Московские князья всеми правдами и неправдами присоединяли к себе всё новые территории, ликвидировали там власть местных правителей, органы городского самоуправления и назначали своих воевод-наместников… самовластие московских великих князей продолжало усиливаться, зачастую приобретая характер грубого произвола… Былое самоуправление старинных городов и княжеств вызывало в новой столице сильное раздражение. Единство Московского государства укреплялось распространением на все подвластные территории московских порядков. В состав Московской Руси вошли земли, сильно отличавшиеся по своим традициям, обычаям, приёмам управления, но постепенно местные самобытности, особенности, уходили в прошлое, заменяясь московским единообразием».