Аустерлиц пошатнул престиж России, и Турция улучила момент удачным для того, чтобы взять реванш. Александр I вынужден вести войну одновременно против Франции и Турции. В то время, когда Каменский вступает в Пруссию, армия Михельсона входит на территорию последней. Эта война будет долгой и тяжелой. Она совершенно не похожа на молниеносные кампании Румянцева и Суворова, русские потерпят в ней ряд поражений. Преследуя цель захвата вражеских крепостей, они не будут стремиться к разгрому армий противника; осады придадут операциям крайнюю медлительность и повлекут раздробление сил. Не сумев организовать снабжение войск провиантом, командование будет вынуждено каждую зиму уводить войска в Молдавию и Валахию, оставляя туркам все завоеванное в ходе кампании. Если тактика русских эффективна, их стратегия хромает. Однако эта война будет иметь удачное политическое завершение и присоединит к России цветущую Бессарабию, а естественные границы пройдут по Пруту и Дунаю. «Никогда еще война не велась так плохо и при этом не заканчивалась столь счастливо» (Ланжерон).
21 ноября армия Михельсона (35 тыс. человек) вступает на территорию Османской империи. Пока основные силы овладевают Яссами и Бухарестом, Ришелье берет Аккерман и Килию, а Мейендорф входит в Бендеры и осаждает Измаил. К концу 1806 г. дунайские княжества заняты без сопротивления. 14 июня 1807 г. Милорадович разбивает корпус Али-паши при Обилешти. Ситуация благоприятствует переносу боевых действий за Дунай, но карты смешивает Тильзитский мир. При посредничестве Наполеона в Слободзее заключено перемирие. Старый Михельсон умирает, его сменяет Мейендорф, который отводит войска в Россию, сделав это, по мнению Александра, излишне быстро. Он смещен со своего поста и заменен фельдмаршалом Прозоровским (78 лет). Александр проявляет талант государственного деятеля. На встрече в Эрфурте Наполеон соглашается на границу России по Дунаю и Пруту, и 22 марта 1809 г. Россия предъявляет Турции ультиматум с требованием изменения границы по этой линии. Ультиматум отвергнут, и война возобновляется. Прозоровский получает приказ действовать энергично — войну необходимо закончить как можно скорее. «Возможно, Ваша армия скоро понадобится мне в другом месте», — пишет ему император. Но Прозоровский устал, он медлителен и нерешителен. Война затянется.
Численность русской армии доведена до 80 тыс. человек. Вместо того чтобы искать решающего сражения с главными силами великого визиря, дислоцированными в Шумле (80 тыс. человек), Прозоровский решает завоевать крепости на Дунае. 5 апреля Милорадович пытается взять штурмом Журжево, но, потерпев поражение, отступает, понеся большие потери. 1 мая Кутузов предпринимает ночную атаку на Браилов, но штурм отбит, русские потеряли 5000 человек. Боевые действия возобновляются в августе переходом русской армии через Дунай. Заняты Исакча и Тулча. Умерший от переутомления Прозоровский заменен Багратионом. Начало его командования отмечено двумя успехами: капитулирует Измаил, а Ланжерон разбивает при Фрасине авангард великого визиря. Во главе 25-тысячного отряда Багратион идет на Силистрию. Мачин и Гирсово заняты, но Силистрия сопротивляется. Великий визирь спешит на помощь крепости, и Багратион скоро оказывается между двух огней: 12-тысячным гарнизоном и пришедшей ему на помощь 30-тысячной армией. 22 октября Багратион атакует при Татарице великого визиря, но терпит поражение. В его войсках начинается страшная эпидемия холеры. Осада Силистрии снята. Трудности со снабжением армии продовольствием таковы, что Багратион возвращается в Молдавию. Его решение не нравится императору, который заменяет его Каменским.
Каменский решает действовать наступательно. 50 тыс. человек двинутся на Шумлу с целью навязать сражение визирю, столько же войск под командованием Ланжерона осадят Силистрию, 10 тыс. под командованием Цукато будут защищать коммуникации в Валахии, а 10 тыс. Засса займут Рущук. Таким образом, 30 тыс. отвлечены от выполнения основной задачи. Каменский переходит Дунай, а 4 июня его брат разбивает турок при Базарджике (3000 убиты, 2000 взяты в плен, захвачено 170 пушек). 11 июня капитулирует Силистрия, но штурм Рущука, предпринятый Зассом 18 июля, проваливается. 4 августа новая попытка вновь не увенчалась успехом. Русские теряют 8000 человек. 8 сентября при Батине Каменский дает сражение основным силам турок. Это полная победа. Из 40 тыс. турок всего 6000 удается бежать в Шумлу. Но Каменский сражен болезнью. Русские войска вновь отведены в Молдавию. Главнокомандующим назначен Кутузов.