Возобновление боевых действий на Кавказе обусловлено внутренней ситуацией в Грузии. Будучи гордым народом, грузины обратились за помощью к России в момент бедствия, но, почувствовав себя в безопасности под охраной русских штыков, некоторые сожалеют об утрате независимости. 30 сентября 1801 г., после смерти Георгия XII, грузинский трон упразднен, но принц Давид не желает признавать аннексию своей страны. Беспорядки, спровоцированные членами царской семьи, вспыхивают почти по всей стране. Александр направляет на Кавказ потомка грузинских иммигрантов генерала князя Цицианова. 13 февраля 1803 г. Цицианов прибывает в Тифлис. Первым его мероприятием становится высылка царской семьи. В ходе операции царица Мария закалывает кинжалом генерала Лазарева, а принцы уходят в горы, где начинают партизанскую войну. Они обращаются к мусульманским народностям и Персии — исконным врагам Грузии. Этот поступок убеждает большинство грузин окончательно перейти на сторону России. Цицианов — вождь настолько же умный, насколько энергичный, и он прекрасно знает, что на Востоке считаются только с силой. Он разрабатывает план широких военных операций, имеющих целью упрочение русского присутствия в Грузии и завоевание некоторых стратегически важных районов Кавказа. Начинается война, а у Цицианова всего 4000 солдат. И однако, с этими силами он будет творить чудеса. В 1803 г. Гуляков разбивает лезгин при Урдо и Джари. Мингрелия и Имеретия переходят под русский протекторат. Затем русские идут на Ганджу, которую берут 15 января 1804 г. после кровопролитного штурма. Затем Цицианов пытается обосноваться на Араксе. Экспансия России беспокоит Персию, управляемую энергичным Баба-ханом. 30-тысячная армия под командованием Аббас-Мирзы идет на русских. Так начинается война с Персией, которая продлится десять лет.
В июне 1804 г. Тучков рассеивает при Гюмри 8000 персов. 2 июля Цицианов одерживает победу при Эчмиадзине над Аббас-Мирзой и осаждает Ереван. На помощь городу спешит сам шах. Крупное сражение происходит 26-го. Несмотря на перевес персов в соотношении двадцать к одному, русские одерживают полную победу. Изменив тактику, персы начинают осуществлять нападения на обозы и небольшие подразделения. Так и происходит в августе памятное в русской военной истории сражение при Сарали. Окруженный противником полковник Монтрезор отвергает все предложения о сдаче. Геройски сражаясь, он погибает вместе со всем своим отрядом. Отсутствие продовольствия вынуждает Цицианова снять осаду с Еревана, тем более что вспыхивает бунт, охватывающий весь Северный Кавказ. Русские силы доведены до 6800 пехотинцев и 1400 кавалеристов. Пока Несветаев держится в Грузии, Цицианов обороняет Елизаветполь, Бамбаки и Шушу. Вместе с тем русские не упускают ни одного случая нанести удар по врагу. В июне 1805 г. Лиссаневич разбивает при Джибраиле Пир-Кули-хана, а Карягин с отрядом в 400 человек выдерживает в Аскарани бой против 3000 персов. Стойкость Карягина сковывает действия персидской армии. К нему на помощь приходит Цицианов с 2300 человек, и персы отступают. Чтобы облегчить положение Цицианова, Завалишин предпринимает поход вдоль берега Каспия, против Решта и Баку. Штурмы обоих городов заканчиваются неудачей. Не желая мириться с поражением, Цицианов собирает 1600 человек и идет на Баку. 10 февраля 1806 г. он встречается с Бакинским ханом; во время этой встречи его убивают. Война продолжается, усмиренные районы вновь берутся за оружие. В это время начинается война с Турцией, и Александр предписывает Гудовичу оттянуть на себя максимум турецких сил. В этот же день Гудович разбивает при Гюмри турецкую Анатолийскую армию. 30 июня 1807 г. Небольсин разбивает при Нахичевани 30 тыс. персов Аббас-Мирзы, и русские осаждают Ереван. Штурм оканчивается неудачей; во время отступления в Грузию при температуре –15 градусов потери составляют 1000 человек замерзшими и все лошади. В 1809 г. боевые действия продолжаются. Тормасов наголову громит в трех сражениях (при Анамли, Бокане и Гюмри) персидскую армию; в это же время князь Орбелиани разбивает турок Шериф-паши и овладевает Поти. В 1810 г. восстает Имеретия. Ее усмиряет Розен. В 1811-м отозванного в Россию Тормасова сменяет Паулуччи. Его положение осложняется тем, что в ожидании начала войны с Наполеоном у него забрали многие полки. Очень быстро вся страна оказывается охваченной огнем восстания, и русские терпят ряд неудач. Благодаря Бухарестскому миру, возвращающему Турции Поти, Ахалкалаки и Анапу, русские могут сосредоточить силы против персов. 31 октября 1812 г. Котляревский с 3000 человек разбивает при Асландузе 30 тыс. персов, потом берет штурмом Ленкорань. В 1813 г. наконец подписан мир. Отныне русские становятся хозяевами положения.