К началу реформы органы исполнительной власти страны состояли из двадцати трёх федеральных министерств, семи государственных комитетов, двух федеральных комиссий, одиннадцати федеральных служб, семи агентств, двух федеральных надзоров и семи «иных федеральных органов исполнительной власти».
Теперь была создана трёхуровневая система: министерства, федеральные агентства, федеральные надзорные службы и федеральное казначейство в придачу.
Министерствам поручили придумывать нормативную базу, агентствам — оказывать государственные услуги, надзорам выпало, соответственно, надзирать.
Были люди, всерьёз полагавшие, что эта мера снизит нехорошие стремления чиновников к личному обогащению. Были и такие (из числа хоть что-то понимающих в бюрократическом устройстве), кто считал новую структуру надуманной. Многие уверяли, что ни одна из проблем решена не будет, зато возникнут новые. Но основная чиновничья рать восприняла новинку с энтузиазмом. Клич «даёшь трёхчлен!» гремел во всех коридорах и курилках.
Радикально обновился кадровый состав правительства. Но принцип подбора кадров остался старым! — чиновников, нелояльных высшему руководству страны, удалили, лояльных ввели. А мы уже не раз писали, что при отсутствии ясных и чётких государственных целей аппарат подбирает людей себе сам не по профессиональным качествам и компетенции, а по принципу «хуже начальника», «лично предан». Кстати, реформирует аппарат тоже сам себя, исходя не из интересов страны, а в интересах или всех высших бюрократов, или их отдельных кланов.
Министерства двух заклятых «друзей-либералов» А. Кудрина и Г. Грефа фактически превратились в суперведомства. Первому выпало руководить всеми финансами страны, второму — всей (за малым исключением) экономической деятельностью. Вице-премьеру А. Жукову приходилось мирить их в спорных случаях. А основные трения шли между министерствами и федеральными агентствами.