После кончины Феодора, не успевшего привести в исполнение задуманного им великого дела, бунт стрелецкий и волнения, поднятые раскольниками, отвлекли на время правительство от устройства академии; впрочем, учение в типографской школе продолжалось. По укрощении мятежей, когда бразды правления приняла царевна София, заботы о начатом деле образования возобновились, и два ученых инока представили царевне просьбы в стихах о водворении наук в столице по плану Феодора. Первым был Чудовский иеродиакон Карион Истомин, который в ноябре 1682 года поднес просьбу в стихах: на ней изображает высокое значение мудрости, восхваляет ум Софии, напоминает ей заботы отца ее и брата о просвещении своих подданных и просит, чтобы она умолила братьев своих Иоанна и Петра утвердить в Москве полный курс образования 22. Другой был настоятель Заиконоспасского монастыря иеромонах Сильвестр Медведев, ученик Симеона Полоцкого, в январе 1685 года он представил царевне грамоту царя Феодора об учреждении академии и вместе с нею также свое стихотворное послание 23. Но, вероятно вследствие влияния Патриарха Иоакима, который неблагоприятно смотрел на Медведева как на поборника латинства, опасался видеть его блюстителем будущей академии, – привилегии академии не были утверждены руками царей. В это время в Москву уже ожидали учителей греческих, за которыми посылали к восточным патриархам.
В марте 1685 года прибыли в Москву после многотрудного и продолжительного путешествия два родных брата – иеромонах Иоанникий и Софроний Лихуды 24. Они представили в посольском приказе две грамоты: одну – от восточных патриархов, свидетельствующую об их Православии и учености, а другую – от гетмана Самойловича, обласкавшего путников при проезде через Малороссию. Цари и царевна приняли милостиво ученых восточных наставников; для них построены были особые деревянные кельи в Богоявленском монастыре.
Здесь начались труды Лихудовы 25. Между тем приступлено к постройке обширного здания для академии в Заиконоспасском монастыре, чему весьма много содействовал и деньгами и распоряжениями сильный в то время при дворе князь Василий Васильевич Голицын, которого Лихуды называли своим «заступником, защитителем, помощником, покровом и прибежищем». Здание было окончено в 1686 году: сам Патриарх с собором духовенства присутствовал при открытии его и благословил перейти туда Лихудам с учениками из Богоявленского монастыря. Открылся полный, но постепенный курс учения на двух языках, латинском и греческом. Грамматику и пиитику Лихуды преподали на греческом, а риторику, логику и физику на обоих языках. Успехи учеников так были блистательны, что они в три года изучили означенные науки, могли говорить на обоих языках и перевели несколько книг на славянский язык.