Форма, которую орден обрел на острове, основанная на его ранней организации, оказалась настолько эффективной, что продержалась много столетий. В своей сути она сохранилась, конечно при других условиях, и в XX веке. Во главе ордена стоял великий магистр – на Родосе он стал князем суверенного государства. Главами лангов (административных единиц) были пилиеры. Рыцари каждого ланга возглавлялись бальи. Главы лангов вместе с епископом ордена, приорами монастырской церкви, бейлифами конвентов, старшими рыцарями и рыцарями большого креста формировали совет – совещательный орган при великом магистре. Не все присутствовали на Родосе одновременно. Некоторые члены ордена находились у себя в поместьях в Европе, другие выполняли свои обязанности в госпиталях, расположенных на паломнических путях. Но все, если того требовала защита острова, были обязаны любой ценой явиться по вызову на Родос, и как можно скорее. Рыцари справедливости, военные рыцари из высокопоставленных аристократических семейств, должны были доказать свое благородное происхождение. Новички, молодые рыцари, только начинавшие службу в конвенте, должны были пройти двухлетний испытательный срок, причем один год из двух они должны были служить на галерах ордена. Такое обучение было очень важным, поскольку новички не обязательно оставались на Родосе, а могли отправиться в те или иные подразделения ордена в своей стране. Там они должны были доложить о своем прибытии своему руководителю, который мог поручить им любые обязанности, военные или дипломатические. Но не было ни малейших сомнений в том, что в тот самый момент, когда поступит вызов из их маленького островного дома в восточной части Средиземного моря, они немедленно со всей поспешностью отправятся туда. С другой стороны, некоторые члены ордена могли прожить на Родосе всю жизнь. Это зависело не только от их склонностей, но и от ситуации с рабочей силой в городе-крепости.
Пилиеры, главы восьми лангов, имели каждый отдельную функцию. Так, пилиер Италии был адмиралом, Франции – госпитальером, Прованса – великим командором, Англии – туркопилиером, или генералом от легкой кавалерии. Разумеется, между лангами неизбежно возникало соперничество, так же как отдельные члены ордена яростно конкурировали между собой, желая подняться по служебной лестнице и занять один из ключевых постов. Конкуренция имеет свои преимущества, но также и недостатки. Соперничество, когда оно контролировалось твердой рукой великого магистра и советом, служило для повышения эффективности в бою. С другой стороны, дух соперничества, особенно между молодыми аристократами, в жилах которых текла горячая кровь, мог привести к ссорам, разногласиям и открытым мятежам. Нечто подобное случилось во время правления Фулька де Вилларе, и в 1317 году человек, так много сделавший для ордена, был отстранен от должности и его место занял соперник. Но в целом система, несомненно, работала, иначе она не смогла бы просуществовать так много веков.
Великий магистр, который, естественно, был рыцарем справедливости, первоначально избирался своими товарищами – рыцарями справедливости. Все должны были провести три года в море – в караванах, три года в конвенте и иметь тринадцатилетний стаж служения в должности. Процедура выборов была не так проста, как можно было ожидать, поскольку проводилось отдельное голосование в лангах. Капелланы и братья-священники тоже имели право голосовать. В итоге после трех разных этапов голосования шестнадцать выборщиков отдавали свои голоса за или против нового великого магистра. Дополнительно выбирался один рыцарь на случай, если голоса разделятся поровну. Свидетельством напряженной лоббистской деятельности является то, что семнадцатый выборщик довольно часто вступал в игру. А учитывая превосходство Франции в ордене, неудивительно, что в годы пребывания на Родосе почти 75 процентов великих магистров были французами.