Абу Мухаммед Абд аль-Вахид был задушен (1224 год), а его преемник аль-Адиль утоплен в дворцовом бассейне (1227 год). После этого оказалось два претендента на халифат: аль-Мамун, брат аль-Адиля, в Андалусии и Яхья ибн ан-Насир, кандидат шейхов, в Марракеше. Начавшаяся гражданская война позволила христианам вмешаться в дела Магриба… Король Фернандо III предоставил аль-Мамуну двенадцать тысяч всадников, чтобы захватить Марракеш (1230 год). Победа аль-Мамуна ознаменовала начало жестокой реакции, направленной против альмохадов. Он уничтожал шейхов и их семьи, принял ряд политических мер, противоположных тем, которые принимались его предшественниками, и с высокой кафедры касбы отрекся ради суннизма от учения махди, самую память о котором предал проклятию.
В уплату за долг он разрешил королю Кастилии построить церковь богоматери, где христиане могли публично отправлять свой религиозный культ. Эта церковь была разрушена в 1232 году, но Марракешское епископство существовало вплоть до XIV века, пока там находились христианские войска, которые сохраняли за собой право совершать богослужение, по крайней мере в частном порядке. Аль-Мамун обязался даже препятствовать находившимся на его службе христианам отрекаться от своей веры и в то же время обязался мириться с обращениями в христианство, которые могли бы произойти на его землях. До чего же докатилось альмохадское государство после 1228 года, если его правитель мог принять подобные условия!
Фернандо III извлек еще одну выгоду из этого кризиса. Когда он стал общим государем Кастилии и Леона, перед ним находилось уже не единое альмохадское государство, а мелкие мусульманские королевства Валенсии, Мурсии и Архоны (к северо-западу от Хаэна близ Андухара). Наиболее значительный из трех королей, король Мурсии, который властвовал на всем Юго-Востоке (от Аликанте до Альхамы), объявил себя вассалом Фернандо III (1241 год), а король Архоны, столицей которого стала Гранада, просил его о союзе (1246 год). Два года спустя в результате взятия Севильи Фернандо распространил свою власть на всю мусульманскую Испанию, за исключением Гранадского королевства, где Насриды, кое-как просуществовав два с половиной века, дали возможность андалусской цивилизации сверкнуть в последний раз. Он умер в то время, когда готовилась высадка в Марокко (1252 год). С его смертью закончился героический период реконкисты — отвоевания мусульманских земель Испании.
В Берберии власть альмохадов испытала не менее сильные удары. Яхья использовал отсутствие халифа, задержанного осадой Сеуты, и оппозицию, вызванную его альмохадской политикой, чтобы вернуть Марракеш. Аль-Мамун умер на обратном пути (1232 год). Борьбу против Яхьи пришлось продолжать его юному сыну ар-Рашиду (1232–1242 годы), который овладел своей столицей лишь после того, как его соперник был убит.
Единство империи, уже подорванное неудачами в Испании, не выдержало дворцовых революций. Эмир Тлемсена Ягморасан ибн Зайян провозгласил свою независимость и создал зенатское государство Абдальвадидов (1235–1236 год). В Ифрикии наместник из рода Хафсидов Абу Закария порвал с халифом (1228 год), затем принял титул эмира и сделал Тунис своей столицей (1236–1237 год).
Однако Севилья признала ар-Рашида в качестве халифа в 1238 году, а несколько месяцев спустя Ибн аль-Ахмар из династии гранадских Насридов вел переговоры с правителем Марракеша; эти факты свидетельствуют о полнейшей неразберихе, которая царила во всем том, что было альмохадской империей. При ас-Саиде (1242–1248 годы) положение еще более осложнилось: Хафсиды расширили свои завоевания вплоть до Тлемсена, тогда как Мериниды просачивались к Мекнесу и взимали налоги повсюду, где только водворялись Тогда ас-Саид сделал последнее огромное усилие, пытаясь восстановить целостность альмохадской империи по крайней мере в Магрибе. Решив дойти до Туниса, он вынудил Меринидов вступить в переговоры и даже предоставить в его распоряжение символический контингент войск; оставалось, кажется, лишь поскорее справиться с Абдальвадидами, как вдруг он попал в засаду и был убит. Армия тотчас же отхлынула обратно к Марокко. Мериниды ждали ее между Мулуей и Герсифом. Тут они уничтожили ее и вскоре после этого захватили Фес. От власти альмохадов остался только призрак.
Омару аль-Мортаде (1248–1266 годы), территория которого на севере ограничивалась Умм ар-Рбией, пришлось согласиться на уплату дани, чтобы спасти Марракеш (12,62 год). В час опасности альмохады ослабляли свои позиции еще и семейными распрями. Двоюродный брат аль-Мортады Абу Даббус перешел на сторону врага, сверг халифа и занял его место (1266 год). И вот тогда-то Меринид, который счел это предательством со стороны союзника, положил конец альмохадской династии, захватив Марракеш (сентябрь 1269 года).