Усиление престижа Берна не могло не сказаться на ситуации внутри Конфедерации. Уже вскоре после бургундских войн обострились структурные проблемы. Городские кантоны в ходе реализации своих территориальных устремлений все настойчивее ставили перед собой цель пресечь «дикие» военные походы преимущественно молодежных и соответственно недисциплинированных отрядов. Они были запрещены уже более 100 лет, но все же по-прежнему отправлялись из Центральной Швейцарии при более или менее открытом попустительстве властей. Такие экспедиции создавали не только дипломатические осложнения. Они, что было еще важнее, ставили под вопрос авторитет городских властей — как, например, в случае знаменитого «похода под флагом со свиной мордой» против Женевы в 1477 г. Вообще города стремились к более эффективной связи между областями, находившимися в их подданстве, а поэтому требовали большего числа обязательных соглашений между кантонами. В более далеко идущих планах обретали контуры именно федеральные концепции организации государства. Однако внутренние кантоны резко отвергали такое построение федерации. Из страха оказаться в политическом отношении отодвинутыми на задний план они противились и принятию в Конфедерацию городов Золотурна и Фрибура. После длительных и спорных переговоров в декабре 1481 г. на тагзатцунге в Стансе наряду с одноименным «Соглашением» была достигнута и базисная договоренность. Она во многих отношениях определяла состояние союза до 1798 г. Этому способствовали посреднические усилия отшельника Ник(о)лауса фон Флюэ, пользовавшегося славой святого, которого называли «братом Клаусом». Утверждение о том, что отшельник, который перед уходом в скит причислялся к политической элите Обвальдена, своим вмешательством сохранил безнадежно рассорившуюся структуру Конфедерации от окончательного развала, является, конечно, мифическим преувеличением.
Станский компромисс установил невмешательство во внутрикантональные дела, запретил несанкционированные военные походы и тем самым усилил местную власть. Идя навстречу сельским кантонам, он вместе с тем обязывал их оказывать взаимную поддержку в случае внутренних беспорядков и таким образом освободил путь для принятия Золотурна и Фрибура. Внутри Конфедерации, состоявшей теперь из десяти кантонов, «новые» — подобно Базелю и Шафхаузену в 1501 г., а также Аппенцеллю в 1513 г., сделавшим полной неизменную до 1798 г. «федерацию тринадцати» — получили статус правящих кантонов с меньшими правами. Дело было не только в том, что им отказали в участии в управлении совместно руководимыми территориями. Кроме того, они не имели права заключать союзы без согласия большинства других кантонов и обязывались выступать посредниками в случае конфликтов между ними.