Третьим аспектом борьбы был конфликт между двумя системами управления. Парадоксально, но факт — либеральный или, скорее, антимонархический индивидуализм польской шляхты стал для Польши фатальным как раз в ту пору, когда ее взгляды на жизнь считались современными и помогли протестантизму победить на Западе. Однако склонность к крайностям, одержимость идеалом, вероятно, являются в славянском характере фатальными чертами, а их происхождение нужно искать в самой истории славян. Индивидуализм польской шляхты — это доведенные до абсурда принципы свободы, на которых и должна основываться упорядоченная социальная жизнь. Одержимость шляхты идеями свободы на самом деле являлась выпячиванием своей исключительности, представлявшей собой желание ограничить все блага этой свободы только рамками своего класса. Мало какая страна могла похвастаться такими мудрыми королями, как первые два Сигизмунда, такими царственными паладинами, как Стефан Баторий, Владислав IV и Ян Собеский, такими храбрыми военачальниками, как Ходкевич и Жолкевский, такими государственными мужами, как Ян Замойский. И то, что ни один из них не смог одержать долговременных побед по вине царившей в Польше анархии и склонности к расколу, дает нам право осудить не только саму польскую социальную систему, но и класс, который ее поддерживал, а также глупость нескольких поколений людей, составлявших этот класс. Поэтому мрачный и во многих аспектах неуклюжий и примитивный деспотизм Московского государства не мог не одержать победы над анархическим либерализмом польской шляхты; лишь безжалостное самодержавие могло захватить себе эти обширные равнины, лежавшие между Уралом и Вислой, и подчинить себе миллионы ее жителей. Словом, ученики Эдигея одержали верх над наследниками Витовта.
Реформация, сама родившаяся в Богемии, в Центральной и Восточной Европе, имела гораздо большую силу, чем принято думать. В Австрии, Венгрии, Трансильвании и Польше протестантские силы сохраняли в течение длительного времени довольно сильное влияние. В Польше во времена Гуситских войн ягеллонские князья сочувственно относились к идеям ранней Реформации; крайний индивидуализм польской шляхты помогал сохранять определенную веротерпимость (например, в течение нескольких веков к евреям в Польше относились с заметным уважением). Два Сигизмунда, просвещенные князья эпохи Возрождения, умели поддерживать баланс между многочисленными протестантскими сектами и не отличавшимися особой терпимостью прелатами Римско-католической церкви.
«Волна Реформации, — писал Дубовский, — пришла в Польшу с запада. Первый выдающийся польский поэт Рей сделался к старости кальвинистом; первый выдающийся писатель Оржеховский был священником, который женился и разругался со своим епископом. Одна за другой сессии парламента требовали, чтобы служба в церкви шла на польском языке, чтобы духовенство подчинялось гражданским законам и платило государству налоги, чтобы целибат для священников был отменен, чтобы обе религии имели общие права и была созвана Национальная церковная ассамблея. Сам король (Сигизмунд II) склонялся к поддержке реформаторов и, подобно Генриху VIII, поссорился с папой из-за своего развода. Тем не менее идея о создании Польской национальной церкви, которая могла бы придать этому государству силы, разбилась о рифы неограниченного индивидуализма поляков. Протестантское движение на польской почве сразу же раскололось на несколько сект, и даже гений одного из отцов Реформации, поляка Джона Лески, который прославился в истории фризского и английского протестантизма, не помог привести враждующие группы сектантов к согласию. В то же самое время конфликты с Русской православной церковью, с одной стороны, и лютеранской Пруссией — с другой, объединили польских католиков под знаменами общей веры. Символом окончательной победы католической контрреформации над протестантами в Польше стало принятие королем из рук папского нунция „Сборника указов Трентского собора“ (1564 г.). Вскоре после этого в стране появились иезуиты, этот авангард воинствующего католицизма, а хрупкий союз протестантских сект — Сандомирский указ о согласии (1570 г.) — не смог создать для столь дисциплинированной силы никакой преграды» (Дубовский).
Со времен архиепископа Газарии и Флорентийского собора Римско-католическая церковь не утратила своего интереса к восточным славянам. Иван IV после разгрома русских войск Стефаном Баторием, желая заручиться поддержкой папы римского, даже рассматривал вопрос о массовом обращении московитов в католическую веру.