У казаков появился новый лидер — Северин Наливайко, молодой офицер, служивший в войске князя Острожского. Он родился в обеспеченной семье, умел читать и писать и прославился как опытный артиллерист. Резня, которую устроили турецким гарнизонам и поселенцам в Валахии и Молдавии господари этих княжеств, Михаил Храбрый и Аарон Тиран, а также захват Сигизмундом Баторием Рущука, Силистрии и других городов на правом берегу Дуная, стали для казаков сигналом к истреблению турецких гарнизонов в городах Нижнего Днестра. Наливайко прислал в Запорожскую Сечь письмо, призывая казаков присоединиться к нему в Молдавии и начать священную борьбу против турок. Его призыв сделал больше, чем долгие переговоры императорского посла Эрика Лассоты, состоявшиеся ранее в том же году, и не только из Сечи, но из всей Киевской земли несколько тысяч казаков под руководством запорожского гетмана Григория Лободы отправились на Дунай бить турок.
Набеги на Молдавию имели для казаков особую притягательность. Они испытывали сочувствие к православным молдаванам, а частые стычки между соперниками, претендовавшими на троны двух румынских княжеств, давали прекрасную возможность пограбить. В 1577 г. казак Иван Подкова стал фактически господарем Молдавии. Полякам очень не нравилось вмешательство казаков в молдавские дела, поскольку это ухудшало их отношения с Портой, и Стефан Баторий, чтобы умиротворить султана, поспешил казнить Подкову.
Теперь 12 тысяч казаков пересекли реку Прут, разгромили турок у Сусеавы и заняли Яссы; их вмешательство, скорее всего, стало решающим фактором в великой победе Сигизмунда Батория над турками под Мантином и в разгроме Михаилом Храбрым Синан-паши в Бухаресте. Сигизмунд III рассердился, узнав о переговорах императора Рудольфа с Сечью; он опасался, что австрийские интриги поддерживают сопротивление, которое оказывает церковной унии православная аристократия, что в ту пору обсуждалась в Бресте.
Одаренный, но полубезумный император осуществлял сложную политическую игру. Ведя, с одной стороны, войну против турок с целью остановить их продвижение в Центральную Европу, закончившуюся в 1606 г. Цитватёрёкским миром, он пытался натравливать православных магнатов и казаков в Малороссии на католическую польскую династию и использовать блестящую, но ненадежную мощь Михаила Храброго Валашского против Баториев в протестантской Трансильвании. В то же самое время Михаил, ставший на несколько месяцев господином всех румынских земель, надеялся, что совместная угроза, исходившая от Бориса Годунова и украинских казаков, не позволит полякам вторгнуться в Молдавию, а противоречия между Габсбургами и мадьярскими магнатами помогут ему захватить Трансильванию (где в 1599 г. его казацкий телохранитель помог ему победить Шелленберга).
А тем временем поляки приступили к борьбе с казацкими бунтами. В 1596 г. на Брацлавщине вспыхнуло крестьянское восстание. Отряды Наливайко начали опустошать Волынь, сжигая польские и униатские поместья. Они полностью разорили земли одного из главных вдохновителей унии — печально знаменитого негодяя Кирилла Терлецкого, луцкого епископа. Как защитник православия и русскоговорящих крестьян, Наливайко пошел на север и взял города Слуцк, Бобруйск и Могилев, опустошая польские поместья и сжигая на своем пути все униатские церкви. В это же время Лобода и его казаки овладели Восточной Волынью и Киевской областью.
Помещики толпами бежали со своих новых земель на юго-востоке, а по всей стране распространялась паника. Тем временем небольшой польский отряд под командованием прославленного Жолкевского искал встречи с казаками. Наливайко стал отступать на юг, в сторону Умани, а потом повернул на север, надеясь соединиться с Лободой у Белой Церкви. Здесь казаки устроили табор — лагерь из повозок, за которыми они установили множество пушек, и Жолкевский после небольшой стычки вынужден был отступить навстречу приближавшемуся подкреплению.
Однако Наливайко и Лобода не нашли у местного населения той поддержки, какую они имели в Подолии и Волыни. Местные казаки, в основном относившиеся к числу «реестровых», решили не присоединяться к восставшим.
Наливайко и Лобода перешли на левую сторону Днепра и вступили в Переяславскую землю. Жолкевский гнался за ними. Местные крестьяне, опасаясь мести поляков, ушли вместе с казаками в степь, расстроив их боевые порядки и замедлив движение. Около 12 тысяч человек, включая женщин и детей, покинули свои дома, куда им было уже не суждено вернуться.