В 1600 г. Ян Замойский обратился к сечевикам с просьбой помочь ему в Молдавии, но Самойло Кишка убедил их не помогать тем, кто объявил их вне закона. Король прислал Кишке письмо, написанное им собственноручно, но и оно его не тронуло. Кишка потребовал, чтобы все несправедливые законы против казаков были отменены, а их прежние привилегии восстановлены. Король прислал письмо со всяческими уверениями и пообещал, что на следующем заседании сейма все меры против казаков будут официально отменены. Тогда к Замойскому в Молдавию пришло четырехтысячное войско, но только после того, как на заседании сейма в 1601 г. все обещания короля были выполнены, казаки двинулись на север, в Ливонию, на помощь Ходкевичу. Здесь их ждала очень тяжелая, но победоносная кампания 1601–1602 гг. Кишка был убит под стенами Феллина.
Гражданская война в России вспыхнула из-за того, что в 1603 г. в Польше появился человек, называвший себя младшим сыном Ивана Грозного «царевичем Дмитрием», которого на самом деле убили в 1591 г., предположительно по приказу Бориса Годунова. Кандидатуру Лжедмитрия одобрили русско-литовские магнаты: Острожские, Вишневецкие и Сапеги. Однако дело оказалось весьма непростым. Сам Сигизмунд III сильно сомневался в том, стоит ли участвовать в авантюре, которая могла погубить польскую монархию (что в действительности и произошло), но его сын Владислав мечтал о создании империи и имел для этого все данные. Иезуиты, в свою очередь, надеялись с помощью Владислава и одаренного молодого человека, вошедшего в историю под именем Лжедмитрий I, установить латинско-польскую власть в Московии и добиться объединения Русской православной церкви с католической. В то же самое время Смута впервые показала ужасную анархическую мощь русского народа, которая нашла свое выражение сначала в поддержке первого Лжедмитрия, которого простые люди считали защитником бедных, а потом — во всенародном восстании против иноземных захватчиков.
Совершенно естественно, что буйное и воинственное население Польской Украины приняло самое активное участие в русской Смуте, пролив немало крови. Многие польские, русско-литовские и украинские дворяне решили поискать счастья в войске Лжедмитрия I. Вместе с ними отправилось большое число «реестровых» казаков, а еще больше слетелось в армию «царевича» всяких авантюристов и безземельных крестьян, называвших себя казаками. В разгроме армии Бориса Годунова под Новгородом-Северским участвовало 12 тысяч «запорожцев», большинство которых и близко Сечи не видали. В битве под Кромами на стороне Лжедмитрия сражались донские казаки. Их явилось 6 тысяч, чтобы «посадить его на трон». В последующие годы число вооруженных людей, уходивших с Украины воевать в Московию, росло вместе с разрастанием анархии. Около 30 тысяч воевали под польскими знаменами под Смоленском, и примерно столько же рассеялось по русским землям в виде небольших отрядов, которые грабили города, богатые монастыри и разоряли поместья бояр. За период между правлением Ивана III и Бориса Годунова Московия накопила огромные богатства, и в Смутное время все это было разграблено. Значительная часть сокровищ увезли на Украину и Дон. Чтобы отличать украинцев от донских казаков, московиты называли их «запорожскими черкассами».
Смута на Руси и слухи об огромной добыче, захваченной казаками, способствовали быстрому росту числа «нереестровых» казаков и возрастанию военного и политического значения Сечи. За десять последующих после 1606 г. лет запорожские казаки в ряде смелых набегов на Крымский полуостров и побережье Малой Азии перехватили у крымских татар и турок боевую инициативу.
В 1606 г. флотилия казацких судов появилась под стенами Варны, утопила девять турецких галер, взяла город и разграбила его. Было освобождено большое количество рабов — не только украинцев, но и венгров, поляков, немцев.
Зимой 1608/09 г. запорожцы взяли Перекоп и ворвались в Крым. Той же самой зимой они сожгли турецкие города в дельте Дуная — Килию и Измаил. В этих морских походах они продемонстрировали необыкновенную храбрость и находчивость. Они смогли на своих легких суденышках (чайках) незаметно проскочить мимо турецких фортов в устье Днепра, которые построили специально для того, чтобы не пропускать казаков в море. Самым трудным было вернуться домой живыми и не растерять богатую добычу, но обычно это казакам удавалось.
Выдающимися по своему бесстрашию оказались казацкие походы под командованием гетмана Петро Сагайдачного, который стал самым прославленным героем Запорожской Сечи.