Ряд руководителей католической церкви в Польше выдвигал идею союза двух церквей. Целью этого союза было подчинение высшего православного духовенства католической церкви и обращения в римскую веру части священников, которые могли бы повлиять на настроения городских и сельских жителей православных провинций страны. Казалось, что этот план будет успешно осуществлен, поскольку многие православные иерархи рассчитывали разбогатеть, а другие выступали за унию из-за желания исправить нравы своей церкви. Унию планировалось осуществить в умеренной, мягкой форме на основе решений Флорентийского собора 1439 г.; православная церковь должна была сохранить свои восточные обряды, а за священниками сохранялось право вступать в брак. Католиков интересовали не столько различия в догматах, сколько признание верховенства папы православными священниками и их паствой. Епископы, одобрившие унию, получали право заседать в сейме вместе с католическими прелатами, а все православные, признавшие ее, получали равные с католиками права на получение государственных должностей.
Указ об унии двух церквей, который в 1594 г. был представлен на рассмотрение короля Сигизмунда III и папского нунция в Кракове, был подписан четырьмя православными епископами. Киевский митрополит Михаил Рагоза, человек слабого характера, тоже склонялся к принятию унии. На следующий год папа Климент VIII официально признал Новую объединенную церковь и, желая увековечить это событие, приказал отчеканить медали с надписью «Rutenis receptis».
Казалось, что усилия католиков завершились успехом, но последующие события показали, что они рано радовались. Православная шляхта, возглавляемая князем Константином Острожским, выступила с протестами; среди жителей Львова, Вильно и Киева начались волнения, ибо здесь существовали возникшие на добровольной основе организации, называвшиеся братствами (это были союзы православных купцов и ремесленников), которые обладали значительными средствами.
По указу короля дело об объединении церквей передали на рассмотрение церковного собора в Бресте, состоявшегося в конце 1596 г. Но вместо того чтобы прийти к согласию, православные и униаты окончательно разругались. Еле-еле удалось избежать вооруженного конфликта, поскольку дворяне, поддерживавшие обе стороны, явились в Брест со своим войском и артиллерией. Православная церковь разделилась, и вскоре между униатами и приверженцами истинного православия началась непримиримая вражда. В ходе борьбы православная церковь духовно возродилась. В русскоговорящих православных людях пробудилось национальное сознание; появились православные ораторы и борцы за веру, которые обрели материальную поддержку и горожан, и крестьян. В конце концов даже униатская церковь, по словам Дубовского, «превратилась в крепость украинского сепаратизма против Польши», и все это произошло главным образом из-за нелиберальной узколобости иерархов польской церкви, которые даровали украинским прелатам привилегии своего класса и тем самым превратили униатскую веру в церковь простонародья, [борющуюся] против римского католицизма как религии правящего класса. Аристократы, отказавшиеся от восточного христианства, стали в большинстве своем католиками, а не униатами, углубив тем самым социальный и национальный раскол».
Уже в 1590 г. вспыхнуло мощное казацкое восстание против польских властей. Поляк по происхождению, авантюрист Кристофер Косинский убедил запорожцев последовать за ним, но не в набег на земли татар, турок или молдаван, как было принято в ту пору, а в поход против волынской шляхты, чтобы пограбить ее поместья и сжечь ее дома. Самым ужасным было то, что большое число крестьян, которые только назывались казаками, присоединились к Косинскому в его укрепленном лагере в Триполье. В это же время во многих частях Волыни и Подолии и за Днепром вспыхнули крестьянские восстания. Весь 1592 г. украинские крестьяне грабили и жгли барские поместья. На следующий год Косинский снова вторгся в Волынь, но на этот раз испуганные дворяне, православные и католики, взялись за оружие и под Житомиром старый князь Константин Острожский и Александр Вишневецкий разгромили казачье войско, убив 2 тысячи человек и захватив 25 пушек. Косинский был взят в плен, но его отпустили на свободу. Вскоре после этого он погиб, однако никто не знает как.
Восстание Косинского не приняло огромных масштабов и не привлекло внимания королевского двора, в особенности потому, что в нем не принимали участия «реестровые» казаки. Это были беспорядки, которые устроила необычно большая группа недовольных. Тем не менее они показали, что на Украине существуют люди, способные с оружием в руках выйти на борьбу с польскими помещиками.
В 1594 г. разразилась Долгая война, в ходе которой австрийцы, турки, трансильванский князь Сигизмунд Баторий и валашский господарь Михаил Храбрый втянулись в бессистемную, но кровавую четырехстороннюю борьбу. Это привело к новым восстаниям казаков, с более значительным числом участников.