Жолкевский догнал казаков на реке Солонице, около Лубен, и окружил их лагерь, где разразился голод из-за огромного количества лишних ртов. Между Наливайко и Лободой вспыхнула ссора, в которой Лобода был убит. Запорожцы, желая отомстить за его смерть, согласились сдаться на условиях, предложенных Жолкевским. Они обещали выдать полякам Наливайко и всю его артиллерию, с тем чтобы оставшимся казакам разрешено было идти куда глаза глядят. Однако, получив 20 пушек и гетманский жезл (булаву), поляки набросились на сдавшихся украинцев и устроили резню. Погибло около 4 тысяч казаков и еще больше беглецов, ушедших за ними в степь, включая женщин и детей. Только 1500 казаков добрались до Сечи. Наливайко доставили в Варшаву и подвергли пыткам. Одна украинская легенда гласит, что его зажарили внутри медного быка, а другая утверждает, что его усадили на раскаленного добела железного коня. На самом деле его четвертовали во время заседания сейма в 1597 г.
На том же самом сейме, на котором Наливайко приговорили к казни, поляки решили раз и навсегда покончить с казаками. Их объявили «врагами государства», и литовскому гетману Жолкевскому было поручено их уничтожить. Однако этот опытный военачальник отказался от такого задания, поскольку понимал, какие опасности и трудности таит в себе война с Сечью. Он считал, что надо успокоить «реестровых» казаков, которые и сами горели желанием доказать свою преданность. Они заявили, что не поддерживали никаких отношений с лидерами недавнего восстания, и пообещали, что сами уничтожат восставших. Это обещание оправдывало отказ Жолкевского вмешиваться в дела Сечи, которая, по указу сейма, считалась распущенной. Однако эта политика привела лишь к тому, что число «нереестровых» казаков, принимавших участие в восстаниях за порогами, сильно возросло, а когда появился бывший ее атаман Самойло Кишка (Кошка), очень популярный среди запорожцев, которому удалось бежать из многолетнего турецкого плена, на Сечи началась новая жизнь.
Не успел Польский сейм принять решение о роспуске казаков, как трудности, с которыми столкнулся король Сигизмунд III Ваза в Европе, заставили его искать помощи у запорожцев. В 1598 г. Сигизмунд попытался предъявить свои права на шведский престол, но был с позором изгнан из Швеции протестантами, которые хотели видеть на троне его кузена, Карла, герцога Зюдермании. Так была утеряна возможность объединения Польши и Швеции под властью короля Сигизмунда III, наследника одновременно Ягеллонов и Ваза. Сигизмунд надеялся, что, став королем Швеции, сумеет создать в Восточной Европе союз Швеции и Польши, который станет доминировать в этом регионе и проложит в Скандинавию дорогу контрреформации. Однако этого не случилось; Швеция и Польша завязли в войнах, в результате которых Московия превратилась в балтийскую и черноморскую державу.
Династическая война между польскими и шведскими представителями династии Ваза оказала решающее влияние на внутренние неурядицы в России, где в 1603 г. началась Смута. Если бы шведы и поляки объединились под властью одного из представителей дома Ваза, им удалось бы уничтожить Московское государство, но так получилось, что Швеция и Польша в российской гражданской войне осуществляли разные задачи. Польские католики поддерживали Лжедмитриев, а позже — Владислава Вазу в его попытке осуществить заветную мечту Витовта и установить польское владычество над всей Русской равниной. Протестантские шведы, захватившие ненадолго Новгород, «на мгновение поверили в возможность создания трансбалтийской державы, протягивающейся от озера Ильмень до Архангельска и далее на восток до Вологды», и стали поддерживать Василия Шуйского.
В 1600 г., когда Сигизмунд III был занят войной со шведами, великий канцлер Польши Ян Замойский преследовал свои собственные интересы, поддержав требования своего кузена Иеремии Мовилы на молдавский трон. И на Балтике, и в Молдавии потребовалась поддержка казаков, главным образом потому, что польское войско содержалось в основном на личные средства короля или крупных военачальников вроде Замойского, Жолкевского и Ходкевича. Выбить деньги из сейма на нужды армии оказалось очень трудно, и это ограничило число солдат, служивших короне, — даже в годы войны их было не более 20–30 тысяч. Поэтому поляки предпочитали призывать под свои знамена казаков, которые сражались «из чистой любви к войне» и надежды обогатиться.