Иоанн осознавал, лежа на смертном одре, что день, ради наступления которого он трудился и сражался всю жизнь, уже не за горами, хотя император, возможно, и испытывал некоторые сомнения в отношении своего единственного сына и наследника. Нельзя сказать, что молодой Феодор II Ласкарис оказался совершенно недостоин трона. Это был интеллектуал, который за свою короткую жизнь создал целый ряд литературных, теологических и научных трудов, и его гуманитарные интересы не мешали ему выполнять функции монарха. К несчастью, он унаследовал от отца эпилепсию, проявившуюся у него в еще более серьезной форме. Это было и в городе достаточно опасно, а когда Феодор находился с армией в полевых условиях, становилось настоящим бедствием. Тем не менее он правил империей сильной, властной рукой. Инстинктивно не доверяя аристократии, Феодор опирался на небольшую группу бюрократов, главными среди которых были его протовестиарий Георгий Музалон и два брата Георгия, Феодор и Андроник. Император привел в ярость клир, назначив патриархом фанатичного аскета Арсения (с этим кадровым решением уничтожив старую мечту своего отца о союзе с Римом).
Феодор подписал мирный договор с Болгарией в 1256 г., и в дальнейшем отношения между двумя странами еще более улучшились, когда царь Михаил Асень был убит и на его место пришел боярин по имени Константин Тих, взявший в жены дочь Феодора Ирину. Следующим династическим браком стало венчание дочери Иоанна Марии с Никифором, сыном эпирского деспота Михаила II. Эта затея, к несчастью, привела к обратным результатам: Феодор самым неразумным образом, уже в последнюю минуту, обусловил заключение брака уступкой ему Дураццо и македонского города Сервии. Мать жениха, которая сопровождала сына в имперский лагерь на реке Марице, была там до крайности запугана, и ей пришлось подписать соглашение. Но, когда по возвращении она сказала мужу, что отдала два его самых значительных города, Михаил, придя в совершенную ярость, немедленно начал готовить поход на Фессалоники, попутно подстрекая сербов и албанцев выступить вместе с ним. Уже через несколько дней вся Македония поддержала его порыв.
Лучше всего справиться с трудной ситуацией мог бы молодой военачальник Михаил Палеолог. Император, однако, всегда завидовал этому молодому красивому аристократу, обладавшему, по-видимому, всеми теми дарованиями, которые у самого Феодора отсутствовали. Император, кроме того, не доверял Палеологу. Несколько раньше в этом же году Феодор обвинил Михаила – совершенно неоправданно – в государственной измене, угрожая ему такими карами, что молодой полководец был вынужден искать убежища у сельджуков. Уже после этого Михаил дал клятву верности императору, но лишь после длительных колебаний Феодор решился вновь вернуть его в ряды своих военачальников. Император, опасаясь, вероятно, что полководец может повернуть солдат против него самого, дал Михаилу слишком маленькую армию, чтобы ее можно было использовать для решения сколько-нибудь серьезных задач. Михаил сражался храбро – ему удалось дойти до самого Дураццо, – но оказался не в силах справиться с противником, имевшим огромный численный перевес. К лету деспот уже стоял у ворот Фессалоник, в то время как Михаил Палеолог, попавший в немилость и вскорости отлученный от церкви, был брошен в темницу.
Такое постыдное обращение с одним из самых выдающихся полководцев подтвердило давно уже созревшее у никейцев убеждение в том, что император не способен более ответственно управлять страной. И, вне всякого сомнения, произошел бы государственный переворот, если бы Феодор – весьма кстати – не заболел в августе 1258 г.; к этому моменту ему исполнилось тридцать шесть лет. Поскольку его старший сын Иоанн не достиг еще совершеннолетия, он назначил регентом Георгия Музалона, к которому никейцы относились с неприкрытой ненавистью. Находясь на смертном одре, Феодор заставил членов самых видных аристократических семейств принести клятву верности и Иоанну, и Георгию, но во время поминальной службы, состоявшейся через девять дней, Музалона убили прямо у главного престола и разрубили его тело на куски. Затем последовал дворцовый переворот, результатом которого стало определение на верховную должность спешно освобожденного Михаила Палеолога, который, возможно, и явился подстрекателем заговора.