К тому времени стало ясно, что император умирает. Он больше не мог заниматься государственными делами и думал лишь о том, как смягчить Божий гнев, превративший двадцатилетнего юношу в опухшую пародию на того красавца, который несколько лет назад покорил сердце императрицы. Управление страной оказалось в руках его брата, который был одержим идеей основать свою династию. Михаил скоро умрет, не оставив потомства; как же обеспечить преемственность? Оставшиеся в живых два брата тоже были евнухами, а зять Стефан уже мертв. Сын Стефана Михаил, прозванный
Летом 1040 года вспыхнул мятеж в Болгарии, во главе которого стоял некий Петр Делян, незаконнорожденный сын царя Самуила, и его двоюродный брат Алусиан. Они вытеснили византийцев, вторглись в Северную Грецию и к концу года взяли штурмом Диррахий, что обеспечило им выход к Адриатике, где они добрались на юге до самого залива Лепанто. И тут произошло нечто поразительное: император Михаил, находившийся в своем дворце в Фессалониках, внезапно объявил, что намерен сам повести армию против врага. Он уже был наполовину парализован, ноги у него чудовищно отекли, и на них началась гангрена; малейшее движение было для него пыткой. Однако он не был лишь смертельно больным человеком, ищущим славной смерти на поле боя: прежде чем умирающий василевс повел свою армию на войну через границу, предстоящая кампания была тщательно спланирована.
Увы, причиной поражения мятежников стало не мужество императора, а недостаток дисциплины в их рядах. Произошла серьезная ссора между Деляном и его кузеном, которого первый обвинил в предательстве. Алусиан ответил на это обвинение тем, что ножом для разделки мяса выколол Деляну глаза и отрезал ему язык; вскоре после этого он сдался. Итак, в начале 1041 года Михаил триумфально вернулся в столицу в сопровождении армии и множества пленников, среди которых был безглазый и безносый Делян. Это было последнее появление императора на людях. 10 декабря он приказал перевезти себя в собственный монастырь Святых Космы и Дамиана, где облачился в монашеское одеяние и умер тем же вечером. Мало кто из императоров имел столь скромное происхождение и пришел к власти столь спорными методами; ни у одного из них не было столь мучительного конца. И все же если бы Михаил выжил, он мог бы обратить вспять упадок империи. Он обладал мудростью, дальновидностью и мужеством. Это трагическая фигура; за время правления следующих императоров многие сожалели о его смерти.
В том, что касалось наследования престола, Иоанн Орфанотроф прежде всего настаивал, чтобы ничего не делали без согласия императрицы. Она одна воплощала собой законное наследование трона, и ее поддержка была крайне важна. Итак, он и племянник отправились к Зое; Михаил бросился к ногам приемной матери, обещая быть ее рабом. Старая, слабая, глупая и легковерная Зоя не имела советников, и ее легко удалось убедить в чем угодно, так что с ее благословения Михаил V отправился на свою коронацию. Ни один император не имел меньше прав на престол. Низкого происхождения, не сделавший никакой военной карьеры, он был обязан своим возвышением махинациям своекорыстного министра и слабости глупой старухи. В первые недели царствования он сохранял подобающую скромность, но затем Иоанн начал замечать, что его поведение меняется и что враждебность Михаила поощряет собственный брат Иоанна Константин, ставший главнокомандующим армией. Еще через несколько дней у пристани поместья Иоанна появилось судно под императорским флагом, с требованием немедленно явиться во дворец. Орфанотроф предчувствовал дурное, но решил повиноваться. Когда он приблизился к Большому дворцу, наблюдавший с верхней террасы император подал условный знак; судно развернулось, затем к нему подошел другой корабль, взял Иоанна на борт и увез в ссылку. Больше он Константинополя не увидел.