Заговорщики зашли слишком далеко, забыв, что в армии все как один на стороне Иоанна, и 26 октября 1341 года солдаты провозгласили его василевсом. Сам он продолжал настаивать, что законным императором, пусть пока и не коронованным, остается юный Иоанн V, и у нас нет причин сомневаться в его искренности. И все же факт остается фактом: армия традиционным способом объявила его государем, а поскольку о признании его таковым со стороны константинопольского режима не могло быть и речи, гражданская война была неизбежна. Через несколько дней после провозглашения Иоанна василевсом пришло известие, что патриарх отлучил его от церкви, а 19 ноября в храме Святой Софии должным образом короновали Иоанна V.
Положение Кантакузина было невыигрышным. Долгие годы разрыв между простым народом и аристократией становился все шире; враги Византии наступали, в страну хлынул поток беженцев, и условия жизни бедноты стали еще более безнадежными. Алексей Апокавк, в кои-то веки благодарный судьбе за свое скромное происхождение, мог выдавать себя за защитника обездоленных от привилегированного класса. Эта идея быстро распространилась по стране. В Адрианополе народная коммуна захватила власть от имени регента, Апокавк ее признал и отправил туда сына Мануила в качестве своего представителя. Через несколько недель за оружие взялась вся Фракия, и представителям класса землевладельцев пришлось скрываться или поспешно бежать. В Фессалониках власть захватила партия экстремистов, известных как зелоты, которые установили основанное на терроре правление на ближайшие семь лет. Должно быть, объявленный вне закона, отлученный от церкви и признанный врагом государства Иоанн Кантакузин был близок к отчаянию. Само его имя использовалось как символ эксплуатации бедных богатыми, хотя он всю свою жизнь боролся именно с такими злоупотреблениями.
Больше всего Кантакузин нуждался в союзниках. Он отправил срочное послание своему давнему другу Умур-бею, однако тот был в дальней отлучке, и после долгих колебаний Иоанн обратился к Стефану Душану. Они встретились в июле 1342 года неподалеку от Скопье. Стефан был рад воспользоваться внутренними проблемами Византии и охотно согласился поддержать Иоанна; благодаря его помощи Кантакузину удалось продержаться до конца 1342 года, а вскоре после Рождества он узнал, что Умур тоже идет на подмогу. Ситуация начала меняться. Зимой 1342/43 года Фессалия поддержала Иоанна, а с приходом весны то же самое сделала и Македония. Не на шутку встревоженный Апокавк прибыл с отрядом военных в Фессалоники, но быстро убрался оттуда, как только на горизонте показался Умур с флотом из 200 кораблей.
Моральный дух находившихся в Константинополе быстро падал, в европейских провинциях хозяйничали турки, войска Умура сеяли хаос и разрушение, и императрица приходила в ужас от одной только мысли об этих язычниках-варварах, которые почти добрались до столицы. Летом 1343 года она обратилась за помощью к Венеции и Генуе; однако, зная, что ни одна из двух республик не станет делать что-либо просто так, она пошла на роковой шаг и за 30 000 венецианских дукатов заложила драгоценности византийской короны. Выкупить их обратно так и не удалось.
Эти действия не принесли ей никакой пользы – помощь не пришла. Иоанн неуклонно укреплял свое положение, и несколько ближайших сторонников императрицы покинули ее. Что касается Апокавка, то его поведение свидетельствовало об отчаянии: он арестовал всех, кого подозревал в лояльности к Иоанну, – то есть практически всех богатых людей. Часть разрушенного Большого дворца превратили в тюрьму, в которой разместили арестованных, и именно здесь Апокавк встретил свою смерть. 11 июня 1345 года, во время одного из регулярных обходов, на него набросились несколько заключенных, кто-то из них выхватил у рабочего топор и отрубил Апокавку голову.
Тем не менее Иоанну Кантакузину еще много предстояло сделать, чтобы триумфально войти в Константинополь. Он знал, что от Стефана Душана ждать больше нечего, однако по-прежнему нуждался в серьезной поддержке и в начале 1345 года вступил в переговоры с самим Орханом. Несмотря на то что Иоанн осуждал турок так же сильно, как и все его соотечественники, в личном общении он всегда отлично с ними ладил. Он быстро подружился с Орханом, и их дружба стала еще более тесной, когда эмир без ума влюбился в среднюю из трех дочерей Иоанна, Феодору, и в 1346 году женился на ней. Невесте позволили сохранить христианскую веру, и позже она неустанно трудилась в интересах христиан, проживавших в эмирате ее супруга.