Теперь обстановка для Цезаря сделалась благоприятнее: у него 35 000 против 50 000—60 000 войск Помпея. В лагере Помпея обсуждался вопрос: что предпринять против Цезаря? Можно было: 1) дать ему сражение, 2) оставить его в Греции и, отплыв в Италию, произвести переворот в пользу аристократической партии, или 3) открыть действия на сообщения Цезаря на суше и флотом на море. Решено остановиться на этом последнем способе действий, и Помпей остается у Дирахиума. Цезарь находился в 40 верстах у Скамитьи. Флот Помпея успевает уничтожить все транспортные суда Цезаря; кавалерия противника стала на его сообщениях. Цезарь посылает отряд Домиция в Фессалию для обеспечения своих сообщений с базою в Аполлонии, со стороны союзников Помпея и войск его, ожидавшихся с востока. Этот отряд овладевает несколькими городами после кровопролитных штурмов, доказавших, что сторонников Цезаря в Фессалии было меньше, чем в Эпире.
Цезарь еще раз попытался вызвать Помпея на бой и двинулся вперед, но тщетно! Тогда он решается отрезать Помпея от Дирахиума, двинувшись через Пеким и Пезу. Это не удается; Помпей заходит в укрепленный лагерь, примыкавший к морю, а сообщение с Дирахиумом сохраняется при посредстве флота. Положение Цезаря становится день ото дня тяжелее: кавалерия Помпея опустошила и без того бедные окрестности и стала на сообщениях армии Цезаря с его базой (Аполлония – Орикум).
Тогда Цезарь решается на дерзкое предприятие; с армией в 22 000 чел. блокировать с сухопутья 50—60-тысячную армию Помпея, еще не потерпевшую ни одной неудачи в поле и притом сохранившую морские сообщения. Для выполнения этого предприятия пришлось построить блокадную линию в 23 версты (25 редутов, соединенных окопами) и занять ее 22 000 войск. При такой растянутости расположения неоднократные вылазки Помпея имели полный успех, но все-таки в его войсках, вследствие скученности расположения и отсутствия пастбищ, начались заразные болезни людей и падеж скота. Цезарь выиграл в том отношении, что, заперев кавалерию противника в лагерь, он получил полную свободу в отношении снабжения довольствием своих войск. Желая ускорить события, Цезарь сделал нападение на Дирахиум, но Помпей произвел в это время сильную вылазку на центр его линий и заставил вернуться назад. Помпей был отбит, но и Дирахиум остался за ним.
Вскоре после этого Помпей решается перевести свою конницу в Дирахиум, чтобы оттуда бросить ее на сообщения Юлия Цезаря; но, узнав об этом вовремя, Цезарь высылает отряд на узкий перешеек, соединяющий город с материком, который устраивает здесь сплошную линию укреплений и таким образом преграждает пути коннице.
26 мая Цезарь получил возмездие за разброску сил: Помпей произвел нападение на крайний участок левого фланга его позиции, от которого отходил путь отступления армии Цезаря к закрепленным пунктам базы. Одновременно был произведен десант в тыл окопов; войска этого крыла были уничтожены, и Помпей утвердился на занятой позиции. Цезарю пришлось сняться с позиции и отступить к Аполлонии.
После понесенной неудачи Цезарь решает двинуться в глубь страны, чтобы угрожать временной столице Помпея, городу Лариссе и войскам Сципиона, пришедшим на подкрепление Помпею. Этим движением он надеялся оттянуть Помпея от моря внутрь страны, 1 июня Цезарь, усилив гарнизоны и закрепления Орикума, Аполлонии и Лиссуса (своей базы), начинает движение в богатую долину Фессалии. Помпей, оставив гарнизон в Дирахиуме, двигается по параллельной дороге к Лариссе на соединение с Сципионом.
Соединившись с Домицием, Цезарь двинулся к Лариссе, но Помпей успел преградить к ней путь, заняв сильно укрепленную позицию у Фарсалы. Цезарь тоже стал в закрепленном лагере. Опять начинается выжидательная деятельность Помпея с 60 000, опасавшегося дать бой 25 000 Цезаря, который ежедневно выстраивает армию, а Помпей в ответ на это выстраивает свою около укреплений, предлагая Цезарю атаковать его в укрепленной позиции, в то же время кавалерией открывает усиленные действия на его сообщения.
Снова положение Цезаря делается невыносимым: он уже решается прибегнуть к маневрам, чтобы выманить противника из его укреплений. Уже было отдано распоряжение о передвижении армии к Скатусе, ближе к побережью, в тыл армии Помпея, как вдруг 29 июня Цезарю доносят о построении боевого порядка армией Помпея, и не на высотах, а на равнине далеко впереди укреплений. Следовательно, партия действия восторжествовала в лагере Помпея и он решился дать сражение.