Гораздо сложнее развивались отношения Домициана с сенатом. Ни в коем случае нельзя считать, что Домициан с самого начала взял курс на конфронтацию с сенатом. Наоборот, он содействовал представителям древних родов, патрициям и нобилям при выборе в консулат, поддерживая социальный престиж этих влиятельных сенаторов. Кроме того, в ряде случаев он открыл консулат для людей с продолжительной преторской карьерой, которые раньше вряд ли могли надеяться на этот самый высокий ранг в римском обществе. О том, что сенаторы, которым Домициан доверял важнейшие должности наместников, магистратов и прочих чиновников, обладали неоспоримой компетенцией, свидетельствует факт, что многие из них не только пережили переломный момент 96 г.н.э., но и продолжали карьеру при следующих принцепсах. Даже антипод Домициана Траян признавал, что у Домициана были «хорошие друзья».
Тем не менее удовлетворительного сотрудничества с обеих сторон не получилось. Если учесть поведение принцепса, которое основывалось как на его собственной природе, так и на его опыте и понимании принципата, то враждебность сенаторов в первую очередь была направлена против вызывающего стиля этого правления, которое последовательно, как и раньше, лишало сенат политической власти. Все важные вопросы при Домициане решались больше не в сенате, а на созданном принцепсом совете, который состоял из сенаторов по его выбору, из представителей всаднического сословия и преторианских префектов.
Обоюдное недоверие и антипатия все больше возрастали; сопротивление сенаторов вызвало все возрастающие конфликты. В 83,87—89 гг. н.э. прокатилась волна преследований оппозиционных сенаторов, а с 92 г.н.э. начался террор. Чувствующий себя в опасности принцепс сначала подозревал всех и каждого. Он не доверял даже собственной семье: казнил своих двоюродных братьев. В те годы в каждом человеке он видел потенциального противника. Это были годы, о которых Тацит сказал; «Мы же явили поистине великий пример терпения; и если былые поколения видели, что представляет собой ничем не ограниченная свобода, то мы — такое же порабощение, ибо нескончаемые преследования отняли у нас возможность общаться, высказывать свои мысли и слушать других. И вместе с голосом мы бы утратили также самую память, если бы забывать было столько же в нашей власти, как безмолвствовать» (Тацит К. «Агрикола»,2,3, СПб., 1993. Пер. А. С. Бобовича).
Кроме сенаторов, Домициан особенно ненавидел философов. В бродячих киниках и моралистах-стоиках он видел агитаторов против своей власти, поэтому в 88—89 и в 9З—94 гг. н.э. изгнал из Рима и Италии всех философов. Эта мера коснулась Эпиктета и Диона Хризостома. Поэтесса Сульпиция в своей жалобе на жестокое правление Домициана спрашивает Музу, что же делать, имея в виду приказ, «что все науки и ученые мужи должны покинуть юрод. Что же мы делаем? Сколько греческих городов мы взяли, чтобы город римлян познал учение этих людей!» Муза утешает ее, говоря о скором конце всем ненавистного тирана: «Оставь свои страхи, моя почитательница, большая ненависть растет против тирана, и к нашей чести он будет уничтожен».
Однако Домициан был «уничтожен» не сенаторской оппозицией и не философами, а представителями его ближайшего окружения, людьми, которым он доверял и которые по разным причинам опасались за свое будущее, а частично были просто подкуплены. Управляющий Домициллы, обвиненный тогда в крупной растрате, несколько придворных и гладиаторов убили принцепса 18 сентября 96 г.н.э. В заговоре была замешана не только Домиция, но и преторианские префекты и несколько сенаторов, которые договорились сделать наследником Домициана М.Кокцея Нерву. Этим закончилось правление династии Флавиев.
Существует немного римских принцепсов, исторический образ которых был бы настолько опорочен, как образ Домициана, несмотря на его неоспоримо позитивные политические начинания и очевидные достижения. Этому сначала способствовали сенаторские историографы, а потом раннехристианские авторы. Римская историография, особенно Тацит, в своих трудах заботились от том, «чтобы не замалчивались добродетели и чтобы дурные речи и действия испытывали страх перед потомками и позором» (Тацит. «Анналы»,3,65,1). Тацит, говоря о пожизненном цензоре Домициане, не только рассказал о цензорской функции, но и показал на его примере феноменологию принципата вообще. Долгое время никто не мог избежать влияния художественно непревзойденных описаний из «Агриколы» и «Истории».