Программа деятельности собора начертана была в указе Юстиниановом, с которым он обратился к отцам собора и который был читан при открытии его. В этом указе обозначалось, с каких именно сторон следовало рассмотреть спорный вопрос о трех главах. 1) Относительно Феодора Мопсуестского требовалось следующее: просим вас рассмотреть то, что написано как в других сочинениях, так и в его символе; просим также рассмотреть и то, что об нем и его хулениях написали св. отцы и обнародовали наши предшественники, равно и то, что написали о нем писатели церковной истории. Из всего этого вы узнаете, что как сам он, так и его хуления с давнего времени осуждены св. отцами и что за его хулы в предшествующие времена даже имя его было исключено из церковных диптихов церкви, в которой он был епископом Просим вас порассудить и о мнении тех, которые утверждают, будто не следует анафеметвовать еретиков по смерти, и просим держаться в этом случае учения св. отцов, которые и по смерти анафемствовали умерших в своем нечестии. 2) Относительно Феодорита император писал собору: просим вас обратить внимание на то, что нечестиво написано Феодоритом против правой веры и против Ефесского собора, против памяти Кирилла и против 12 его глав, и что тот же Феодорита написал в защиту Феодора и Нестория и их хулений против памяти Кирилла. 3) Относительно Ивы и его послания в указе говорилось: просим также сделать исследование и о нечестивом послании, которое написал Ива к Марию Персу. И так как некоторые дерзают утверждать, что послание это, содержащее нечестие, принято и св. Халкидонским собором, то просим вас сличить то, что сказано этим св. собором в определениях его, изложенных в защиту веры, и то, что содержится в нечестивом послании, чтобы всесторонне доказать справедливое, а нечестивое осудить (Д. V. 35–37).