В Дрездене В. Ф. Бах пробыл до 1746 года, создал там множество инструментальных произведений (концертов, сонат и фантазий для клавира, симфоний). Затем его пригласили в Галле, также на должность церковного органиста. Со слов современников стало известно, что в те годы он совершил недостойный поступок: выполнив заказ местного университета и представив музыку к торжественному вечеру, он использовал в своем произведении фрагменты из «Страстей» И. С. Баха, что было обнаружено одним из присутствующих на торжестве лейпцигских канторов. Вероятно, И. С. Бах знал и о растущем пристрастии старшего сына к вину, что доставляло ему немало огорчений. Все же, пока отец был жив, Вильгельм Фридеман как-то «держался», продолжал выполнять обязанности органиста, хотя и удивлял окружающих своими странностями, резкостью, вспышками неудовлетворенного самолюбия. В 1762 году он отказался от нового предложенного ему места, затем блестяще выдержал конкурс на должность органиста в Брауншвейге, но она, из-за интриг, досталась другому — посредственному ремесленнику.
С 1764 года В. Ф. Бах бросил свою работу в Галле, оставил жену и дочь, стал вести беспорядочную жизнь, находясь то в Брауншвейге, то в Берлине, не имея постоянных обязанностей, временами давая уроки, расточая рукописное наследие отца, впадая в нищету и опускаясь. К тому же характер у него был тяжелый и со временем не делался лучше, он плохо сходился с людьми, вздорил и ссорился даже с друзьями, которые пытались помочь ему. Порой он еще мог восхищать слушателей замечательной игрой на органе, но за творческими вспышками снова наступали полосы душевного упадка. По всей вероятности, еще более трудной и неровной стала его композиторская деятельность. Доставшиеся Вильгельму Фридеману по наследству нотные рукописи отца он частично распродавал (за ничтожную цену), частично, быть может, и утрачивал в своих скитаниях. Так, пять годовых циклов духовных кантат после смерти И. С. Баха были поделены между двумя его старшими сыновьями. Филипп Эмануэль хранил свою часть наследия, предоставляя желающим за плату снимать копии с рукописей отца. Судьба другой части кантат, доставшейся Вильгельму Фридеману, далеко не ясна. Очевидно, утрачены и рукописи скрипичных концертов, попавших к нему. К счастью, некоторые любители музыки, скупавшие рукописи И. С. Баха, частью сохранили их для будущего. Первый биограф И. С. Баха И. Н. Форкель свидетельствует, что Вильгельм Фридеман Бах предлагал ему купить годовой цикл хоральных кантат Иоганна Себастьяна за 20 луидоров, но поскольку у Форкеля тогда этой суммы не нашлось, предоставил ему право просмотреть рукописи (и снять копии) всего за 2 луидора; впоследствии же весь цикл пошел за гроши, поскольку владелец рукописей очень нуждался.
Можно предположить, что все эти метания стареющего музыканта в какой-то мере обусловлены внутренним разладом: он действительно не находил себе места — и в прямом, и в более глубоком смысле слова. Многие же совершаемые им поступки, подчас и безответственные и недостойные, должны были лишь усугублять его чувство внутренней неудовлетворенности и непроходящей горечи, когда он способен был мыслить здраво. Неудивительно, что его собственное творческое наследие сохранилось не полностью; понятно, что оно оказалось неровным и противоречивым. Кто знает, сколько рукописей В. Ф. Баха утеряно безвозвратно? То же, что сохранилось, свидетельствует о крупном даровании, большой творческой силе — и, пожалуй, о полном пренебрежении модой своего времени. Скончался Вильгельм Фридеман Бах в Берлине — совершенным бедняком.