Запорожские казаки всегда считали свою церковь независимой в отношении высшей духовной русской иерархии; потому, хотя они и обращались за разрешением разных церковных вопросов и за присылкой в собственные церкви духовенства к киевским митрополитам, но все же в церковных делах Запорожья ставили решения своего Коша выше власти киевского митрополита, межигорского архимандрита и собственных церквей начальника. Но такая церковная автономия, естественно, не могла нравиться русскому правительству, и потому, со времени присоединения запорожских казаков к России, после 1734 года, русское правительство, постепенно прибирая к рукам запорожцев, старалось лишить их, между прочим, и церковной автономии. Первый случай представился к тому в 1759 году, по поводу приезда в Сечь милетийского епископа Анатолия Мелеса. Анатолий Мелес, прибыв в Россию сперва в сане архимандрита и в качестве собирателя подаяний в пользу Афонского Георгиевского монастыря, а потом в сане епископа и в качестве уполномоченного от турецких славян, желавших переселиться в Южную Россию, объезжая слободскую Украину и Новороссию, явился в Сечь и здесь совершил несколько торжественных богослужений по чину архиерейскому. Но, совершая литургию, он на ектениях или вовсе исключал имя местного высшего иерарха, киевского митрополита Арсения, или произносил его весьма «неправильно и непристойно». Синод осудил его за это, но сенат, ввиду важности приезда греческого епископа в Россию, взял его под свою защиту; запорожцы также оказали ему свое покровительство и решили не отпускать его от себя; тем не менее в конце 1760 года Анатолий Мелес был низложен и лишен сана. Тогда в Сечь послан был царский указ, в котором войску запорожскому «наикрепчайше повелевалось, дабы они никаких духовных лиц, кроме указно определенных от епархиального своего архиерея, отнюдь не принимали и не держали и без дозволения его никого к священнослужению допускать отнюдь не дерзали»[780]
. Тем не менее запорожские казаки все же считали свою церковь зависимой только от собственного Коша, а не от русского правительства. На этом основании в 1769 году, во время Русско-турецкой войны, они не хотели, несмотря на приказание фельдмаршала графа П.А. Румянцева, поставить в зависимость бывших в походе запорожских иеромонахов от обер-священника всей действующей армии. На этом же основании последний кошевой атаман Петр Иванович Калнишевский, приняв от Межигорского Спасо-Преображенского монастыря иеромонаха Германа, как говорит о том Скальковский, «человека столь хорошего жития, что он может и проповеди говорить», другого, присланного в то же время и тем же монастырем, иеромонаха Кошмана, за то, что он «непорядочно», то есть без позволения Коша, уезжал в Киев, велел немедленно отослать в Межигорский монастырь. Оттого, числясь парафией киевского митрополита, запорожская церковь даже московскому патриаршему престолу подлежала лишь номинально, в действительности же была в безусловном ведении одного Запорожского Коша[781].