Еще более серьезные разногласия возникли в южноафриканском правительстве и обществе, когда разразилась Первая мировая война. В 1914 году Бота заявил о намерении начать боевые действия на стороне Великобритании, а затем без согласования с правительством объявил Германии войну. Бурское население охватили широкие антивоенные настроения, всюду проходили митинги протеста. Под руководством Национальной партии африканеры подняли восстание, которое достигло наибольшего размаха в Оранжевом свободном государстве. К восстанию присоединилась большая группа бывших бурских генералов, 7 тыс. буров из Оранжевой провинции и 3 тыс. из Трансвааля.
Главнокомандующий вооруженными силами ЮАС генерал Кристиан Байерс в знак протеста против непопулярного решения правительства подал в отставку, заявив при этом: «Говорят, что война ведется против варварства немцев. Мы простили, но еще не забыли все те варварства, какие были совершены в нашей собственной стране во время южноафриканской войны. Между тем, немцы не сделали нам ничего плохого».
Генерал Мани Мариц, командующий войсками ЮАС на границе с Германской Юго-Западной Африкой, и вовсе отказался подчиниться приказу о переходе в наступление против немцев. Более того, он перешел на их сторону с намерением создать «свободную бурскую республику». В состав временного правительства должны были войти генералы Байерс, Де Вет, Кемп, Мариц и Безюйденхут. Мариц выпустил декларацию, в которой говорилось: «Известно, что во многих случаях враг вооружал для войны с нами туземцев, и поскольку это делалось с целью возбудить в черных народах презрение к белому человеку, мы поэтому строжайше предупреждаем, что все цветные и туземцы, которые будут захвачены нами в плен с оружием в руках, так же как и их офицеры, поплатятся за это жизнью». Надвигалась угроза очередной англо-бурской войны.
14 октября в стране было объявлено военное положение. 27 октября войска, которыми командовал лично Бота, разгромили отряды Байерса в Рустенбурге. 7 ноября боевые действия начали повстанческие отряды генерала Де Вета в Винбурге. Де Вету удалось одержать победу над правительственными силами генерала Кронье. Решающее сражение произошло у Маргварда 12 ноября. Войсками Союза командовал Бота, повстанцами – Де Вет. В итоге мятежники потерпели сокрушительное поражение. Сам Де Вет 1 декабря был пленен вместе с арьергардом из 50 буров. 9 ноября во время отступления в Трансвааль погиб генерал Байерс. К январю 1915 года войска Союза подавили рассеянные по разным местам силы повстанцев. Многие сотни буров были брошены за решетку.
5 января 1915 года войска ЮАС под командованием Боты начали вторжение в Германскую Юго-Западную Африку. Не надо и говорить, что это было воспринято немцами как предательство, ведь Германия всегда поддерживала буров в борьбе против Великобритании.
За тридцать лет колонизации немцы довольно прочно обосновались на этой территории. В течение продолжительного времени они боролись с местными племенами. В начале 1904 года в районе города Окаханджо вспыхнуло крупное восстание племен
К началу 1905 года германские отряды фон Троты и губернатора Генриха Геринга одержали решающую победу. В итоге погибло более трех четвертей всего народа гереро – около 50 тыс. человек. К восстанию присоединились и проживавшие здесь готтентоты. 17‑тысячным войскам фон Троты, путем применения самых жестоких методов, удалось справиться с ситуацией лишь в 1907 году. Бесчеловечная политика Германии в Юго-Западной Африке по отношению к местному африканскому населению явилась одним из первых геноцидов в XX веке.
К 1913 году число белых поселенцев составляло в Юго-Западной Африке почти 15 тыс. человек, а в районе Виндхука проживало также около 3000 цветных – потомков смешанных браков, переселившихся из Капской колонии. Основным занятием колонистов было фермерство (к началу войны насчитывалось до тысячи фермерских хозяйств): выращивалась пшеница, кукуруза, картофель и табак, имелись плантации хлопка и виноградников. Наличествовали в колонии и минеральные богатства – медь и свинец. В июле 1908 года в районе бухты Людериц были открыты месторождения алмазов, вскоре ставшие одним из основных предметов экспорта колонии. Активно развивалась железнодорожная сеть. Понятно, что эта территория была лакомым куском для Британской империи.