Отступление было хорошо спланировано и проведено. Правда, 16 июня немецкий 33‑й полк штурмовой артиллерии вышел на обрыв прибрежной дороги и открыл огонь по главным силам 2‑й и 3‑й бригадных групп. Но больших потерь южноафриканцы избежали. В ходе отступления дивизия Пинаара потеряла 27 человек убитыми, 133 ранеными и пропавшими без вести, а также 7 бронеавтомобилей, 13 полевых пушек, взвод противотанковых орудий и 4 зенитки.
Гарнизоном Тобрука командовал южноафриканский генерал-майор Г. Б. Клоппер. В его подчинении находились: 2‑я южноафриканская дивизия (три бригады), 201‑я гвардейская бригада и 32‑я армейская танковая бригада. У Клоппера не было опыта маневренной войны, кроме того, он не сумел наладить взаимодействие. Ночью 17 июля Африканский корпус окружил Тобрук. Во время последовавшего штурма, южноафриканцы приступили к уничтожению складов с топливом, продовольствием и боеприпасами (в Тобруке имелось 3 млн пайков, 7 тыс. тонн воды, 1,5 млн галлонов горючего и более 130 тыс. артиллерийских снарядов).
Часть гарнизона попыталась скрыться по морю. Однако британские баржи, набитые солдатами, были расстреляны огнем 88‑мм орудия. Удалось уйти южноафриканским противолодочным кораблям «Биверу» и «Парктауну», двум тральщикам и 13 другим судам. Полностью дезорганизованные черные южноафриканцы, большинство из которых были водителями, в панике попытались прорваться на автомобилях, однако были остановлены огнем немецкой 15‑й танковой дивизии. 21 июня Клоппер решил, что дальнейшее сопротивление не окупит потерь, и направил к немцам парламентеров под белым флагом. К тому моменту, когда Роммель прибыл в Тобрук, южноафриканцам удалось уничтожить большую часть своей техники и вооружения. Бронеавтомобили были сброшены в море, грузовики сожжены, винтовки разбиты.
Утром 22 июня капитуляция вступила в силу. В плен попали 19 тыс. англичан, 10 тыс. белых южноафриканцев, 3400 черных и цветных южноафриканцев и 2500 индийцев. Южноафриканские офицеры потребовали, чтобы белые пленные содержались отдельно от черных, однако Роммель отказался выполнить это условие, заявив о том, что африканцы – тоже солдаты ЮАС. «Если они достаточно хороши, чтобы носить форму и сражаться рядом с белыми, они и в плену будут пользоваться равными правами», – заявил «Лис Пустыни».
Падение Тобрука стало ужасным ударом для англичан, а для южноафриканцев было настоящей трагедией, ведь в плен попала треть их армии. Генерал Пинаар был разочарован своим британским командованием и в дальнейшем стал действовать еще менее активно. Тем не менее, его дивизия сыграла известную роль в победе под Эль-Аламейном. В ноябре 1942 года 1‑я пехотная дивизия была возвращена в Южную Африку (сам Пинаар погиб в авиационной катастрофе 19 декабря).
В 1942 году южноафриканцы приняли участие в британском вторжении на Мадагаскар (чтобы предупредить возможность японского десанта на этот важный в стратегическом отношении остров). 25 июня 7‑я пехотная бригада ЮАС генерал-майора Г. Сенескалла высадилась в порту Диего Суарес на севере Мадагаскара, затем выдвинулась в Сакарами, где заняла оборону. В сентябре южноафриканцы начали операцию против дислоцировавшихся там войск вишистской Франции, которые капитулировали 2 ноября. 7 декабря 1942 года 7‑я бригада вернулась на родину, потеряв в течение кампании всего лишь 18 человек.
Последним театром боевых действий во Второй мировой войне для войск ЮАС стала Италия. Специально для вторжения союзников в феврале 1943 года в Южной Африке была сформирована 6‑я бронетанковая дивизия под командованием генерал-майора В. Эвереда-Пооля. В апреле после нескольких недель интенсивной боевой учебы соединение морским путем было переброшено в Египет, где разместилась в лагере в 60 милях от Каира. Спустя почти год дивизия высадилась в Италии и сконцентрировалась в районе Альтамура-Матера-Гравина.
Здешние условия сильно отличались от североафриканских. Предстояло сражаться в гористой местности, идеальной для обороны и сложной для наступления. Дивизия оставалась в области Матера до конца мая, а затем перешла в наступление, чтобы принять участие в битве под Монте-Кассино. Захват этого важного форпоста открывал для союзников дорогу на Рим. 6‑я дивизия находилась в авангарде. Преодолев незначительное сопротивление итальянцев, южноафриканцы вступили в столицу 6 июня 1944 года. Но падение Рима еще не означало окончания войны в Италии. Особенно упорное сопротивление оказали немецкие войска во Флоренции. После жестоких 8‑недельных боев за Целлано, Орвисто, Синалунгу, Раду и Мекаталу 6‑я дивизия вошла во Флоренцию 4 августа, вновь находясь в авангарде сил союзников. После этого личному составу соединения был предоставлен заслуженный отдых. За эти 6 недель дивизия была пополнена боевой техникой и вооружением.