Главным же средством предупреждения и отражения вооруженных атак отрядов африканских партизан была армия. С начала 1960‑х годов оборонные расходы государства неуклонно росли: увеличивались ассигнования на авиацию, возрастала численность личного состава и гражданского ополчения, закупались и разрабатывались новейшие образцы боевой техники. В 1970‑е годы Южноафриканские силы самообороны (
Основу военно-политический доктрины ЮАР составила «Тотальная стратегия», или «мобилизация всех внутренних ресурсов страны для отражения военных и террористических ударов». Главной задачей стало «воспрепятствование наступления коммунизма» на ЮАР. В декабре 1972 года начальник генерального штаба САДФ адмирал Хуго Бирман заметил: «Нам необходимо убедить Запад, что коммунистическое проникновение в Южное полушарие представляет собой прямую угрозу интересам Западной Европы и всего свободного мира».
Основным фронтом военного противостояния стали Юго-Западная Африка и соседняя Ангола. Еще в 1966 году ООН прекратила действие мандата ЮАР в Юго-Западной Африке, но правительство Южной Африки отказалось от выполнения этого решения. Здесь действовали законы ЮАР, были введены нормы апартеида, создано 9 бантустанов. Часть африканского населения ЮЗА-Намибии включилось в активную борьбу против белого господства, проводившуюся в основном под эгидой «Народной организации Юго-Западной Африки» (СВАПО).
Конфликт в Юго-Западной Африке можно разделить на четыре фазы. В течение первой (1966–1973 годы) вооруженные повстанцы начали партизанскую войну, выдвигаясь с территорий Танзании и Замбии (где располагались их лагеря), создавали в ЮЗА тайные опорные пункты. Действия партизан значительного успеха не имели. Армия и полиция ЮАР сумели ликвидировать все вторгнувшиеся на территорию ЮЗА группы. В конце 1969 – начале 1970 года на конференции в Танге лидеры СВАПО объявили вооруженную борьбу «единственно эффективным способом завоевания независимости».
Вторая фаза (1973–1977 годы) характеризовалась проведением масштабной психологической кампании ЮАР по «завоеванию умов и сердец» африканского населения. Пропагандисты стремились убедить коренных жителей в том, что сохранение апартеида является благом для всех расовых и этнических групп, а распространение коммунизма и вообще любой левой идеологии ведет к обнищанию и экономической деградации. В ЮЗА была создана 101‑я армейская группировка со штабом в Хрутфонтейне. Численность группировки САДФ в 1976 году достигла здесь 50 тыс. человек.
В ходе третьей фазы (1977–1984 годы) произошла перегруппировка войск, штаб армейской группировки был перенесен в столицу Юго-Западной Африки Виндхук, были образованы «стратегические деревни» и «оперативные зоны» в широкой полосе вдоль границы с Анголой и Замбией, численность войск возросла до 75 тыс. человек (1980 год), активно формировались подразделения из местного черного и цветного населения, созданы Территориальные силы Юго-Западной Африки численностью в 20 тыс. человек.
Во время четвертой фазы (1984–1989 годы) боевые действия подполья активизировались, общая численность войск САДФ и Территориальных сил ЮЗА была доведена до 100 тыс. человек. Партизанская война распространилась на центральные районы страны. С апреля 1989 года в соответствии с резолюцией Совета Безопасности ООН начался рассчитанный на год переход Намибии к независимости. В ноябре 1989 года были проведены всеобщие выборы в Учредительную ассамблею, войска ЮАР покинули территорию страны, а в марте 1990 года Намибия получила независимость.
В гражданскую войну в Анголе ЮАР вмешалась 14 октября 1975 года, выступив на стороне УНИТА. Причиной вторжения была названа угроза для Юго-Западной Африки, исходившая со стороны ангольских марксистов, поддерживавших СВАПО в ЮЗА-Намибии. Вскоре в вооруженный конфликт оказались втянуты другие иностранные государства, которые поддерживали ту или иную ангольскую группу, исходя из своей идеологической принадлежности. Ключевую помощь режиму МПЛА оказали СССР и Куба.