Некоторое облегчение наступило в царствование Александра II. Был отменен институт «кантонистов», и евреи были уравнены в правах с другими гражданами в отношении воинской повинности. Постепенно «право жительства» вне черты оседлости было предоставлено богатым купцам и промышленникам, лицам с высшим образованием, ремесленникам, провизорам и фельдшерам. Это способствовало появлению новых иудейских общин как в европейской части России, так и в Сибири.
С развитием революционного движения в России в конце XIX — начале XX в. усиливаются тенденции правового ограничения евреев. После убийства Александра II по городам и местечкам Юго-Запада прокатились первые волны погромов, которые потом периодически повторялись во времена обострения внутриполитической ситуации в стране. Правительство ввело строгие процентные нормы для еврейских учащихся в учебных заведениях, фактически еще больше сократило «черту оседлости», лишая тысячи семейств средств к существованию. Такое положение привело, с одной стороны, к массовой эмиграции евреев, прежде всего в Америку, с другой — к уходу радикально настроенной молодежи в различные русские революционные партии и движения или в националистическое сионистское движение. Влияние религии, особенно на молодое поколение, начинает ослабевать, хотя к началу XX в. большая часть из 5,2 млн евреев (4,13% всего населения страны) все еще проживала в городах и местечках внутри черты оседлости, придерживаясь освященных веками традиций. При переписи населения в 1897 г. подавляющее большинство евреев указало в качестве родного языка идиш и только 67 тыс. — русский. Следует отметить, что в число лиц иудейского вероисповедания включались сравнительно небольшие этнические группы грузинских, горских, бухарских евреев и крымчаков. На приверженцев неталмудического иудаизма —
После ликвидации кагальной системы продолжали существовать автономные религиозные еврейские общества, правда, они не имели определенного четкого юридического статуса. Раввины сначала избирались еврейскими обществами, а после издания специального закона в 1901 г. — уполномоченными прихожанами молитвенных домов. Избранные утверждались начальством губернии. Наряду с утвержденным «казенным» раввином существовал неформальный «духовный» раввин, которого все уважали за высокую ученость. В масштабах Империи существовал высший официальный орган для решения вопросов по религиозно-духовным делам евреев — «Раввинская комиссия», выполнявшая, в частности, консультативные функции при Министерстве внутренних дел.
В начале XX в. ведущими центрами религиозной жизни иудейских общин наряду с прежними в Одессе, Варшаве и Вильно становятся Санкт-Петербург и Москва, где сооружаются монументальные синагоги. Раввинами столичной Санкт-Петербургской синагоги были люди исключительной учености и высоких моральных качеств. Среди них можно назвать И. Ольшвангера, Д. Каценеленбойгена, А. Драбкина, М. Айзенштадта. В Москве много сделал для духовного развития еврейского населения города высокообразованный раввин 3. Минор, обучавший ивриту Л. Толстого. Печатались многочисленные издания религиозного характера на древнееврейском (иврите), идише и русском языках. Надо отметить, что в отличие от США среди евреев России не нашло отклика движение реформизма. Кроме того, перед лицом общего противника — атеизма — резко снизилась острота конфликта между хасидами и митнагдимами.
В последние годы существования империи, особенно после революции 1905 г., резко усилилась антиеврейская идеологическая кампания, кульминацией которой стало так называемое «дело Бейлиса». В 1911 г. скромного киевского мещанина Менделя Бейлиса обвинили в совершении ритуального убийства христианского мальчика. Несмотря на явные попытки правительственной юстиции осудить Бейлиса, решением присяжных он был оправдан. Следует отметить, что православное духовенство отрицало наветы об употреблении евреями христианской крови. Тем не менее анитисемитское и антииудейское «черносотенное» движение продолжало свою активную деятельность, идейно опираясь на сфабрикованные в недрах тайной полиции так называемые «Протоколы сионских мудрецов», якобы свидетельствующие о тайном заговоре еврейских богачей, направленном на то, чтобы захватить власть над всем миром.