Оппозицию поддержало влиятельное духовенство. 19 мая 1566 года митрополит Афанасий демонстративно сложил с себя сан и удалился в Чудов монастырь. Распри с духовными властями, обладавшими большим авторитетом, поставили царя в трудное положение, и он пошел на уступки в выборе нового кандидата в митрополиты. Им стал игумен Соловецкого монастыря Филипп (в миру Федор Степанович Колычев). В его лице земская оппозиция обрела одного из самых деятельных и энергичных вождей. Колычев согласился занять митрополичий престол, но при этом потребовал распустить опричнину. Это вызвало недовольство Ивана. И после «серьезных» переговоров Филипп публично отрекся от своих требований и обязался «не вступаться» в опричнину и в царский «домовной приход». Он обещал не оставлять митрополию из-за опричнины. Однако Филипп делал все возможное, чтобы не допустить казней представителей земской оппозиции. (Впоследствии Колычев был зарезан в монастыре одним из руководителей опричнины – Малютой Скуратовым.) Как видим, попытки политического компромисса на этот раз не удались.
После выступления членов собора власти не только не отменили опричнину, но маховик репрессий и террора стал раскручиваться с ужасающей быстротой. Поводом стал донос, видимо В. А. Старицкого, о заговоре в его пользу с конюшим боярином И. П. Федоровым во главе. Федорова обвиняли якобы в стремлении выдать Ивана IV польскому королю Сигизмунду. Опричные отряды «прошлись» по вотчинам Федорова, разгромив усадьбы, конфисковав его имущество и казнив около 500 боевых холопов и крестьян, а царь лично заколол боярина.
Иван «перебирал» один за другим города и уезды и отбирал владения у тех, кто ему не служил. Этим был окончательно разрушен старый порядок, по которому служба вотчинников царю носила добровольный характер. Опричнина прошлась страшным террором по княжеским и боярским владениям, уничтожив многих представителей старой знати. Царь десятками казнил родовитых бояр, разбивал боярские и княжеские гнезда и разметывал их уцелевшие остатки по разным местам, где они не представляли никакой опасности. Конфискация боярских владений производилась в виде настоящих военных вторжений опричников и в некоторых случаях даже сопровождалась сражениями с вооруженными людьми (послужильцами) вотчинников. Это давало повод для колоссальных грабежей. Иностранцы-авантюристы, служившие в опричнине, пользовались такими «походами» для собственного обогащения. Опричник Генрих Штаден, вестфалец по происхождению, рассказывал, что в один из таких походов он отправился с лошадью и двумя слугами, а вернулся с 49 лошадьми, из которых 22 были запряжены в сани, нагруженные всяким добром.
Боярская знать, придавленная террором, не имеющая сил на открытое выступление, пыталась устраивать тайные заговоры (возможно, это фабриковалось опричниками), мечтая о государственном перевороте. Однако заговоры эти раскрывались один за другим, а их участники расплачивались своими головами.
В 1568 году царю стало известно о якобы возникшем заговоре в Москве. Заговорщики планировали убить царя и на его место посадить Владимира Андреевича Старицкого. После раскрытия заговора террор опричнины принял особенно жестокий массовый характер. По словам современника, все города, большие дороги и монастыри были заняты заставами; ни один город или монастырь ничего не знал о другом. У В. А. Старицкого царь переменил всех бояр и слуг, а затем отобрал и Старицу, предоставив вместо нее Дмитров со Звенигородом. Мать князя через несколько дней постригли в монахини, а сам Владимир Андреевич умер, как полагают, от отравления.
Затем Иван, получив в декабре 1569 года известие о якобы готовящейся измене, отправляется в Новгород. По дороге опричники царя разгромили Клин, Тверь и другие населенные пункты. В одном из тверских монастырей Малюта Скуратов нашел и задушил митрополита Филиппа. В январе 1570 года опричники вступили в Новгород. Здесь в течение пяти недель людей самых разных сословий – от приказных, местных дворян, бояр, новгородского архиепископа до крестьян близлежащих сел – вешали, топили в прорубях в Волхове, рубили топорами, секли саблями, расстреливали из пищалей, травили медведями, сжигали в домах. По подсчетам историков, в ходе погрома в Новгороде погибло более 3 тысяч человек. Из них на долю дворянства приходилось не менее 600–700 человек, не считая членов их семей. В опричную казну перешли бесценные сокровища Софийского дома, была конфискована казна 27 старейших монастырей. Жестокому погрому подвергся и Псков.
Казни не прекращались и в Москве. Летом – осенью 1570 года опале подвергли цвет московской бюрократии. На одной из главных площадей Москвы казнили казначея Н. Курцева, главу Посольского приказа, печатника И. Висковатого, дьяков большинства центральных ведомств. Жертвами царского террора, по подсчетам Р. Г. Скрынникова, стали 3–4 тысячи человек, из них около 700 – земские деятели всех масштабов, среди которых было 15 бояр и 4 окольничих, и почти половина состава Боярской думы.