Спитамен напал на Мараканд (Самарканд) и вырезал македонский отряд, после чего объявил город своей резиденцией. Жители восторженно приняли его своим правителем. Понадобился год, чтобы царь, понеся значительные потери в войсках, принял решительные меры. Спитамен оставил Мараканд и вместе с конницей «растаял» в степях Скифии. Многие повстанцы укрылись в горных районах, оставаясь недосягаемыми для возмездия. Но Согдиана оставалась верна все ещё непобеждённому герою Спитамену, надеялась на его возвращение.
Александр лично руководил боевыми действиями против восставших, отчего неоднократно подвергался опасности. Во время взятия стен Кирополя (совр. Худжанд) от брошенного сверху камня пострадала ключица. В другом месте, где жители убили македонских фуражиров и ему пришлось поспешить туда с отрядом, стрелой ранили в голень. Превозмогая страдания, он продолжил участие в схватке; сообщил о ранении, когда всё завершилось победой македонян. Обессиленного от боли, его сняли с коня, уложили на плащ. Лекарь Критодем осторожно извлек из раны наконечник стрелы; из открытой раны хлынула кровь…
Лекарь приложил сухой мох, перевязал куском ткани и с удовлетворением обратился к побледневшему царю:
— Я сделал, что требуется в подобных случаях. Ты вне опасности.
Во время действий лекаря Александр увидел собственную кровь и в раздумье тихо произнёс:
— Если я сын Зевса, почему из моей раны течёт кровь, а не бесцветная влага, какая должна быть у небожителей?
Критодем успокоил:
— А что ты хотел? Боги амбросию вкушают; хлеба не едят и не вкушают красного вина. Вот у них в жилах нетленная жидкость и течёт без всякого цвета. А ты вспомни, сколько на днях вина употребил?
Несмотря на старания Критодема и живительные примочки рана не заживала; голень опухла, боль в бедре не утихала, становилась сильнее. Не в состоянии продолжить участие в карательных операциях, царь передал командование Птолемею со словами:
— Заметишь где в поселении хотя бы одного мятежника, сожги всех и всё!
Птолемей хорошо постарался: при ликвидации мятежных поселений его воины убили сто двадцать тысяч жителей. Остальные согдийцы, устрашённые репрессиями, осознавая бесполезность сопротивления злой силе, приняли за неизбежность власть Александра.
Бывал ли он когда великодушен к врагам — наверное; однако по отношению к тем, кто оказывал сопротивление, жалости не проявлял. Это поняла жена Спитамена. Уставшая от неудач мужа, сломленная его постоянным бегством от преследования, она убила его, спящего на супружеской постели. Голову прислала царю Александру с просьбой «отнестись к ней с пониманием и прощением». Узнав страшную весть, согдийцы, за ними население Бактрии, проявлявшие упорное сопротивление, утратили своё веками выпестованное мужество.
В честь важного события, и руководствуясь стратегическими соображениями, в долине Мургаба* заложили сразу шесть городов-крепостей. Места для них выбрал сам царь: два города расположились на юге, четыре — на востоке, но все — на небольшом расстоянии друг о друга, чтобы в случае необходимости поддержать друг друга. Покидая Согдиану, Александр поручил наместнику побеспокоиться, чтобы новые города скоро превратились не только опорными пунктами для снабжения армии, ещё и центрами эллинской культуры, своеобразным связующим звеном на торговом пути Европы с Азией, Востоком и Западом.
Лишь со временем жители Страны Согд осознали, что присутствие эллинов на их землях дало возможность защититься от разбойных кочевников и новую культуру взаимоотношений с внешним миром. Вскоре и кочевники усмирились, им никто не запрещал жить рядом с согдийцами. К тому же простому народу льстила женитьба македонского царя на согдианке Роксане, всех устраивало признание царем местных обычаев и князей. И только македонские ветераны проявляли недовольство своим положением: их любимый царь Александр насильно оставил их доживать свой век здесь, на краю Ойкумены…
Усмирением Согдианы Александр завершил завоевание Персидского царства Ахеменидов. В сатрапии Паропамис* основал город Александрополь Кавказский*, откуда с армией в сто тысяч человек — пехота, конники и вспомогательный отряд азиатских наёмников — отправился в индийский поход. Состав армии заметно отличался от предыдущего: костяк из македонян и греков составлял всего треть. К досаде македонских друзей царя, часть телохранителей состояла из молодых знатных персов.
Армия двигалась тремя колоннами: одну вёл царь, другую Гефестион, третью — Пердикка. С огромным физическим напряжением проходили горный массив Гиндукуш. Всё лето и начало осени (327 г. до н. э.) потратили на то, чтобы овладеть крепостями, господствовавшими над проходами в высокогорной долине Инда. Остерегаясь оставлять позади себя недружественные поселения, жителей убивали, а их жилища разрушались. В течение короткого времени погибли сорок тысяч аспасиев, гурейцев и ассакенов.