В декабре 1188 г. курдско-сельджукские войска Саладина заняли город. В 1240 г. он вместе со всей Галилеей был передан эмиром Дамаска крестоносцам, оказавшись под контролем Тевтонского ордена (который выкупил в 1220 г. у других христианских орденов права на будущее владение Цфатом, в то время еще находившимся под властью мусульман).
Около 1257 г. рыцари ордена тамплиеров вновь получили права на владение городом, однако уже в 1266 г. Цфат после тяжелой месячной осады вновь был захвачен мусульманами-мамлюками под командованием султана Бейбарса.
Падение Цфата имело огромное стратегическое значение и, по сути, предрешило окончательную ликвидацию государства крестоносцев.
В начале XIV в. в Цфате поселился испанский каббалист раввин Шем Тов бен Аврахам ибн Гаон. В Цфате он написал большинство своих сочинений.
В 1348 г. все население города пострадало от эпидемии чумы. Смертность среди заболевших нередко была стопроцентной. По современным, весьма приблизительным оценкам к 1351–1352 гг., когда пандемия легочной и бубонной чумы завершилась, население Европы сократилось едва ли не наполовину, многие некогда цветущие города и села превратились в кладбища. «Черная смерть» унесла около 24 млн человек.
Важной вехой в истории Цфата стал 1516 г., когда город был захвачен турецкими войсками. Постепенно город, включенный в мошную Османсую империю, стал крупным торговым и промышленным центром. XVI в. был столетием расцвета Цфата.
Расцвет духовной жизни, так же как и прочное экономическое положение, привели к тому, что во второй половине XVI в. Цфат превратился в «центр еврейского мира». Верховный авторитет мудрецов Цфата в вопросах Галахи и каббалы признавался крупнейшими общинами Ближнего Востока и Европы. Как раввины, так и простые евреи обращались в Цфат за решением спорных вопросов.
С последней четверти XVI в. общее политическое и экономическое положение в Османской империи вообще и во всем Эрец-Исраэле в частности стало ухудшаться. Прежние торговые пути, проходившие через район Средиземного моря и Ближнего Востока, утрачивали свое значение. Деньги стали обесцениваться, центральная власть в Галилее начала постепенно ослабевать.
После захвата в 1573 г. Турцией у Венецианской республики острова Кипр часть оружия из венецианских арсеналов попала в руки арабов Сирии и Эрец-Исраэля, в том числе бедуинских племен Галилеи. Это привело к резкому росту разбойных нападений на дорогах вокруг Цфата и сильно затруднило и без того захиревшую международную торговлю. Производство шерсти, бывшее одной из основ экономики Цфата, переживало глубокий кризис. Несколько лет засухи, особенно засуха 1583 г., нанесли еще один удар по его экономике. Нашествие саранчи, эпидемии, голод привели к тому, что до 1601 г. город был практически покинут жителями.
В 1602 г. на начавшую восстанавливаться общину опять обрушилась эпидемия. Но, несмотря на все бедствия, город возрождался вновь и вновь.
В 1831–1832 гг. власть над Эрец-Исраэлем захватил правитель Египта Ибрагим-паша. Первые годы его правления, продолжавшегося до 1840 г., были благоприятны для Цфата, город превратился в коммерческий центр Галилеи, но в 1837 г. опять стал эпицентром землетрясения, приведшего к его полному разрушению. Погибло около 4 тыс. человек. Первая мировая война тоже тяжело отразилась на жизни Цфата.
27 сентября 1918 г. австралийская кавалерия под командованием генерала Алленби заняла город, и в нем установился британский контроль, а в 1948 г. город перешел к Израилю.
В 1953 г. он интенсивно застраивается. На склонах горы Талул основан квартал художников, в котором живут, работают и выставляют свои произведения живописцы и скульпторы. Важным историческим памятником является Мецуда – руины древней цитадели на вершине господствующего над городом холма – остатки укрепления зелотов времен Иудейской войны и крепости крестоносцев (XII в.). В городе и окрестностях имеются захоронения среднего и позднего железных веков, в которых обнаружена керамика и оружие.
Сейчас в Цфате живет более 20 тыс. жителей. Он входит в число «городов развития». Древние синагоги и священные могилы, живописные кварталы с их извилистыми улочками и переулками, по которым прогуливаются старики в меховых шапках, сделанных из 12 частей лисьих хвостов, по числу колен Израилевых, прекрасный климат, живописные окрестности – все это превратило Цфат в очень популярное место, привлекающе массу туристов и паломников.