С XV в. до н. э. несколько столетий город находился во власти египтян, которые в 1200 г. до н. э. были изгнаны оттуда филистимлянами. Иисус Навин пытался отбить у филистимлян Яффу, но не смог, и лишь земли вокруг нее были отданы в надел колену Дана. (Сегодня вся эта территория называется Гуш-Дан.)
После того как городом поочередно владели Египет, Вавилон, Персия и Сидонское царство, он был завоеван Александром Македонским, неутомимо расширявшим свою империю и покорявшим все новые и новые народы.
Во время еврейского восстания Маккавеев (167–142 гг. до н. э.), направленного против гнета крупнейшего эллинистического царства Селевкидов, жители Яффы нееврейского происхождения решили избавиться от евреев, они коварством заманили их на корабль и утопили в море. Разгневанный Иуда Маккавей, вождь народного восстания в Иудее, напал на город, сжег порт и корабли, но взять город ему не удалось. Только позднее, в 1663 г., Яффу захватили последователи Иуды Маккавея, и она стала принадлежать к Иудейскому царству. При Маккавеях город был окружен новой стеной с башнями, расширен порт, здесь чеканились монеты с изображением якоря.
Затем еврейские моряки из Яффы принимали участие в боевых действиях против римлян во время Иудейской войны 66–73 гг., или Великого восстания против римлян. Евреи Яффы, желая поддержать повстанцев, выслали свои суда против императора Веспасиана.
После подавления восстания римляне объявляют город свободным городом Флавия-Иоппа.
При арабах, завоевавших Палестину за десятилетие с 630 до 640 г., Яффский порт приобрел особое значение из-за близости к их столице Рамле. Арабский историк ал-Макдиси писал: «Яффа – маленький городок, но порт его – как щит для Рамлы. Стены порта крепкие, никакие метательные орудия не могут их пробить, а городские ворота и ворота порта железные».
По мере укрепления христианства в Римской империи росла и христианская община Яффы. Город стал центром епископата, и епископ Фидус участвовал в церковном соборе в Эфесе в 431 г. Cвятой Кирилл Александрийский описывает его уже как важный торговый центр и транзитный порт Средиземноморья!
После захвата Эрец-Исраэля арабами в 636 г. Яффа потеряла свое значение как крепость и торговый центр, ее порт сохранился, но главным образом как пункт прибытия в Святую землю еврейских и христианских паломников. Арабский географ в 1050 г. описывает Яффу как незначительный городок.
Положение ее резко изменилось в 1099 г. с началом Крестовых походов. Яффа стала важнейшим портом для крестоносцев, фактически воротами страны, через которые они получали подкрепления, продовольствие и вооружение. Шло бурное строительство города. В Яффу прибывали христианские паломники. Но в 1196 г. почти 100летнее присутствие крестоносцев в Яффе закончилось: город был захвачен и разрушен курдским военачальником Ал-Маликом ал-Адилом, братом Саладина. Попытки восстановить Яффу во время 6го (1228 г.) и 7го (1248 г.) крестовых походов практически не увенчались успехом. В 1260 г. Яффа подверглась нападению монголов, а в 1268 г. мамлюкский султан Бейбарс окончательно разрушил город и вырезал почти все его население. Яффа прекратила свое существование на много столетий…
Во второй половине XVII в. город был восстановлен, и Яффа стала главным портом, через который на Святую землю прибывали христианские паломники. Их не останавливали опасности столь далекого путешествия, ведь вплоть до XVIII в. здесь действовали морские пираты, и христианские паломники подвергались нападениям корсаров с моря и разбойников на суше. Только при посредничестве Франции в XVIII в. с пиратами удалось достигнуть соглашения о ненападении на корабли, прибывающие в Яффу.
Постепенно был отстроен и город; в нем развивалась промышленность, в частности мыловаренная. В окрестностях Яффы появились плантации цитрусовых культур.
Очередным набегам город подвергался в ходе междоусобиц в Османской империи: в 1769 г. – тут хозяйничал губернатор Дамаска Осман-паша, в 1775 г. – правитель Галилеи Захир ал-Амр (аль-Омар, или в русской традиции Дагер).
В 1799 г. во время Египетского похода Наполеону пришлось вести тяжелые бои за Яффу. Три дня велась осада, когда же удалось пробить брешь в стене, французских солдат встретило отчаянное сопротивление турок за каждый дом. Разъяренные солдаты Наполеона убивали всех подряд. Наполеон оставил в городе более 200 тяжелораненых солдат. Вскоре разразилась эпидемия бубонной чумы.
Яффа долго находилась в запустении. Лишь через 15 лет после такого разгрома город начал заново отстраиваться при губернаторе Мухаммеде Абу-Набуде («набуд» в переводе с арабского языка «дубинка, палка»). При нем отреставрировали стены, камень для которых привозили из Кесарии и Ашкелона. Ворота укрепили пушками, поставили стражу, открыли таможню. Особое внимание Абу-Набуд уделял порту. Рядом с портом был построен хан (постоялый двор) и несколько рынков.
В 1820 г. в Яффе было открыто российское вице-консульство – первое русское дипломатическое представительство на Святой земле.