На борту кораблей находились, помимо прочих, депутаты Европарламента, лауреат Нобелевской премии мира 1976 года Мейрид Корриган (Северная Ирландия), два депутата германского бундестага от партии «Левые», шведский писатель Хеннинг Манкелл, бывший архиепископ грекокатолической церкви Илларион Капуччи и другие.
Правительство Израиля заявило, что не допустит нарушения флотилией морской блокады Газы. Журналист Макс Блюменталь опубликовал статью, в которой выдвигает версию, что Израиль заранее готовился к насильственному захвату кораблей в случае сопротивления со стороны участников. По его мнению, налет был спланирован израильскими военными за неделю до событий, и лично одобрен премьер-министром Биньямином Нетаньяху и министром обороны Эхудом Бараком, а спецназовцам израильской армии была поставлена задача проведения миссии и характер операции был известен задолго до нападения.
Примерно в 4 часа утра корабли ВМС Израиля блокировали конвой. Морская охрана Израиля передала на суда флотилии официальное предупреждение. Предупреждение было повторено несколько раз, но реакции каравана не последовало. После этого силы Армии обороны Израиля начали операцию силового захвата судов. К кораблям каравана приблизились катера ВМС Израиля, а вертолеты высадили на палубы кораблей отряды морского спецназа.
Этот инцидент произошел в открытом море в 65 км от берега сектора Газа. Израиль также признал, что турецкое судно было перехвачено в нейтральных водах.
Во время операции по захвату турецкого судна «Мави Мармара» было убито 9 пассажиров, более 30 было ранено. На 1 июня 2010 года 45 пострадавших находились в больницах Израиля, 6 из них — раненые солдаты, остальные — пассажиры судна 2 июня из 670 задержанных участников флотилии около 120 — граждане Малайзии, Индонезии, Бахрейна, Кувейта и Пакистана — были депортированы Израилем в Иорданию, остальные активисты освобождены и 3 июня прибыли Турцию. Вместе с ними были доставлены тела 9 погибших.
Согласно «Гардиан» со ссылкой на турецкую уголовно-медицинскую экспертизу, проводившую вскрытие, 5 из 9-ти пассажиров «Мави Мармара» были убиты выстрелами в голову или в спину, а один из них, 19-летний гражданин США Фуркан Доган, погиб от пяти пулевых ранений, включая выстрел в лицо, произведенный на расстоянии менее чем 45 см».
У пассажиров были отобраны ноутбуки, телефоны и фотоаппараты, впоследствии несколько солдат этого элитного подразделения армии обороны Израиля были осуждены за мародерство.