Согласно отчету первой комиссии по правам человека ООН, «имеются «ясные доказательства, позволяющие обвинить» Израиль в «намеренных убийствах» и пытках, совершенных во время захвата флотилии израильскими войсками. Комиссия считает, что действия израильской армии могут рассматриваться как военные преступления, согласно статье 147 Четвертой Женевской конвенции. Комиссия практически полностью приняла версию пассажиров «Мармары» и отвергла заявления Израиля о том, что солдаты, высадившиеся на корабле, получили огнестрельные ранения, поскольку Израиль не предоставил комиссии никаких документов о подобных ранениях по ее запросу.
Согласно отчету комиссии, израильские солдаты вели огонь по пассажирам с использованием различного вооружения, включая огнестрельное оружие с боевыми патронами. Патологоанатомическая экспертиза комиссии пришла к заключению, что «двое из пассажиров на верхней палубе получили ранения, которые могли быть получены при стрельбе с малого расстояния, когда они лежали на полу».
Согласно отчету, раненых избивали прикладами и ногами, в том числе по головам, и оскорбляли словесно. Несмотря на просьбы пассажиров флотилии, необходимую медицинскую помощь раненым израильтяне стали оказывать лишь спустя два часа».
Согласно отчету комиссии Пальмера: «Морская блокада сектора Газа является законным средством для защиты безопасности Израиля и осуществляется на основе международного права. Флотилия не была организована правительством Турции. Решение Израиля захватить корабль с такой существенной силой на большом расстоянии от зоны блокады и без предупреждения о захвате было чрезмерным и неблагоразумным.
Израильские власти плохо обращались с пассажирами с момента захвата и до их депортации, включая жестокое обращение, преследование, запугивание, необоснованную конфискацию имущества и отказ своевременной консульской помощи.
Гибель 9 человек и тяжелые ранения в результате применения силы израильской армией неприемлемы и не получили должного объяснения. В частности, Израиль не представил объяснений фактов стрельбы в спину или с близкого расстояния».