«Известие о захвате турецкого судна и гибели людей вызвало резкую негативную реакцию в Турции. Турция отозвала из Израиля своего посла и потребовала объяснений у израильского посла в Анкаре.
1 июня, выступая в парламенте страны перед депутатами правящей партии, премьер-министр Турции Тайип Эрдоган заявил, что действия Израиля заслуживают решительного осуждения и назвал их «штурмом против гуманности, вопреки международным законам и миру во всем мире». 2 июня на заседании турецкого парламента было решено пересмотреть отношения между Турцией и Израилем.
Тысячи турок вышли на акции протеста. Во время этих акций произошли беспорядки, в том числе попытка захвата консульства Израиля в Стамбуле Израиль принял решение об эвакуации из Турции семей израильских дипломатов по соображениям безопасности.
28 июня 2010 года Турция в ответ на атаку флотилии закрыла воздушное сообщение с Израилем. По официальным данным, закрытие воздушного пространства Турции касается только израильских военных самолетов. Данное решение не относится коммерческим полетам».
Турция также обратилась в ООН. В рамках ООН было создано две комиссии. 23 сентября 2010 года был издан отчет комиссии Совета ООН по правам человека. В составлении отчета приняли участие прокурор ООН по военным преступлениям Десмон да Сильва, тринидадский судья Карл Т. Худсон-Филлипс и защитница прав женщин Мари Дайриам из Малайзии. Отчет состоит из 56 страниц. Параллельно комиссии Совета, 2 августа 2010 года генеральный секретарь ООН Пан Ги Мун объявил о создании международной комиссии ООН по расследованию всех обстоятельств, связанных с «нападением Израиля на флотилию судов с гуманитарным грузом для сектора Газы». 10 августа состоялось ее первое заседание, которое открыл Пан Ги Мун, и в нем приняли участие представители Новой Зеландии (бывший премьер-министр Джеффри Палмер, эксперт в области международного морского права — председатель), Колумбии (уходящий с поста президента Колумбии Альваро Урибе — вице-председатель), Израиля (Йосеф Чехановер — бывший генеральный директор МИД и юридический советник министерства обороны) и Турции (Оздем Санберк — бывший дипломат).