94 свидетеля были вызваны на заседания комиссии с участием одного или более ее членов. Отдельные сотрудники аппарата комиссии за полгода с небольшим успели опросить 395 человек. Письменные показания под присягой дал 61 человек, а президент Джонсон и его супруга свои свидетельства прислали в письменной форме. 24 сентября 1964 года полный текст доклада комиссии Уоррена был передан президенту и опубликован в 27 томах (один том доклада и 26 томов материалов).
Комиссия пришла к выводу, что убийцей президента был Ли Харви Освальд, и все выстрелы были произведены им с верхнего этажа здания склада школьных учебников. Какого-либо заговора, имевшего целью убийство, согласно докладу, выявить не удалось. Освальд был признан убийцей-одиночкой.
Эрл Уоррен вручает Линдону Джонсону итоговый доклад комиссии
Комиссия Уоррена заявила, что не может достоверно установить мотивы преступления. По поводу душевного состояния Освальда комиссия отметила следующее: «Очевидно, что у Освальда была изначальная враждебность по отношению к окружающим. Ему, как представляется, не удавалось установить серьезные отношения с другими людьми. Он был вечно недоволен окружающим миром. Задолго до убийства он выразил свою ненависть к американскому обществу, и в его действиях был протест против него. Освальд искал идеальное, как он считал, общество, но эти поиски с самого начала были обречены на провал. Он хотел остаться в истории, примерял на себя роль «великого человека», который был бы признан в свое время, хотя бы посмертно. Его приверженность к марксизму и коммунизму, как представляется, была еще одним важным фактором в мотивах преступления. Он также продемонстрировал способность действовать решительно, невзирая на последствия, если такие действия помогут достижению цели в данный момент. Этот и многие другие факторы могли сформировать характер Ли Харви Освальда и превратить его в человека, способного убить президента Кеннеди».
Большинство американцев проект одобрили. За рубежом в ряде стран он подвергся более жесткой критике за то, что отвергал все существующие теории заговора.
Менее 2 % материалов комиссии Уоррена до сих пор остаются под грифом «секретно», что порождает разного рода спекуляции среди сторонников различных теорий заговора. Неопубликованные документы касаются возврата налогов, имен агентов и секретных методов работы спецслужб.
В докладе комиссии подверглись критике действия полиции Далласа, ФБР и секретной службы. Последнюю было рекомендовано подчинить непосредственно кабинету министров, что так и не было осуществлено.
Никаких предложений по ужесточению контроля над оборотом стрелкового оружия в США комиссия Уоррена не внесла, посчитав, что это находится за пределами ее компетенции. Вскоре после убийства Кеннеди и Освальда ряд сенаторов и конгрессменов внесли ряд законопроектов по этому вопросу, и, в частности, о запрете продажи оружия по почте, но они не были приняты. Один из журналистов по этому поводу устроил довольно злую шутку. Он послал одной из оружейных фирм заказ и приложил денежный чек с подписью «Л.X. Освальд», после чего благополучно получил заказанную винтовку.