Большие грузовые двери-люки в бортах в крыше фюзеляжа позволяли использовать на погрузочно-разгрузочных работах кран. Размеры грузовой кабины самолета были следующими: длина 6, м, ширина 1,6 м, высота 1,9 м, объем грузовой кабины 16,7 м3. На Ju-52, как и на его предшественнике, самолете W-33, могли быть установлены разные типы шасси — колесное, лыжное, поплавки. Экипаж состоял из пилота и второго пилота, управление самолетом двойное. На самолете стоял один 12-цилиндровый двигатель жидкостного охлаждения Юнкере L/88 мощностью 800 л.с. Двигатель приводил во вращение четырехлопастный металлический воздушный винт.
Сборка первого прототипа Ju-52ba (Werk Nummer 4001) началась в первом квартале 1930 г. Впервые самолет поднял в воздух с заводского аэродрома в Дессау 13 октября 1930 г. старший летчик-испытатель фирмы Вильгельм Циммерман. Уже в первых полетах выявилась ненадежная работа двигателя L88, который пришлось менять на мотор BMW VIIaU мощностью 685 л.с. Двигатель BMW VIIaU комплектовался двухлопастным деревянным воздушным винтом.
Замена мотора привела к изменению обозначения самолета на Ju-52be. 6 декабря 1930 г. самолет с двигателем BMW перегнали для дальнейших испытаний из Дессау на аэродром Берлин-Адлерхоф, принадлежащий Deutsche Versuchsanstalt fur Luftfahrt (DVL, Германский летно-исследовательский институт). Правительство Германии потребовало внести ряд изменений в конструкцию машины, в частности установить четырехлопастный деревянный воздушный винт диаметром 5 м. Министерство транспорта Рейха (Reichsverkehrsministerium, RVM) выдало сертификат летной годности самолету Ju-52 в феврале 1931 г., одновременно присвоив ему гражданский регистрационный номер D-1974. Новейший транспортный самолет был представлен прессе 17 февраля 1931 г. на аэродроме Берлин-Темпельхоф, машину подавали как «летающий товарный вагон». Самолет получил в печати прекрасные отзывы, но коммерческий успех машины не состоялся по причине всемирного экономического кризиса начала 30-х годов. Не было получено ни одного заказа от авиакомпаний.
Прототип Ju-52 в июне 1931 г. передали для проведения эксплуатационных испытаний в авиакомпанию Luftfrako Air Express GmbH. Испытания продолжались четыре недели, после чего машину вернули фирме Юнкерс. Специалисты авиакомпании высоко оценили самолет. В конце лета Ju-52 принимал участие в перелете Balkan Vorfurflug (демонстрационный перелет по Балканам). Перед перелетом машины несколько модернизировали, к примеру, два первых круглых иллюминатора заменили прямоугольными окнами. Капот двигателя был окрашен черной цвет, а на борту фюзеляжа ниже кабины черной краской сделана надпись «JUNKERS». Сам самолет не окрашивался и имел цвет натурального дюралюминия. Маршрут протяженностью 6000 км пролегал по Венгрии, Румынии, Болгарии, Югославии, Австрии и Чехословакии. Местные средства массовой информации хвалили чудо немецкой техники, но из-за поразившего Европу экономического спада заказов на Ju-52 не последовало, не смотря на весь этот PR.