С необычной поспешностью велось и следствие об убийстве Кирова. Уже 22 декабря было объявлено, что Николаев является якобы членом террористической организации, образованной из членов бывшей зиновьевской оппозиции, и что «ленинградский центр» оппозиции принял решение убить Кирова, с которым у зиновьевцев особые счеты. Были названы и члены «ленинградского центра», большинство которых действительно примыкало в прошлом к зиновьевцам. 27 декабря газеты опубликовали «Обвинительное заключение», под которым стояли подписи прокурора СССР А. Я. Вышинского и следователя Л. Шейнина. В обвинительном заключении утверждалось, что убийство Кирова было лишь частью далеко идущего плана, включающего убийство Сталина и других членов Политбюро. Сообщалось также, что ленинградскую «террористическую группу» возглавлял якобы И. И. Котолынов, который в 20-е гг. был секретарем Выборгского райкома комсомола и членом ЦК ВЛКСМ. Здесь же говорилось, что убийца получил 5 тыс. рублей от одного иностранного консула, осуществлявшего связь между заговорщиками и Троцким. (Из СССР в это время был выслан консул Латвии. Латвийское правительство категорически отрицало причастность своего консула к убийству Кирова.)
Даже анализ опубликованного текста «Обвинительного заключения» позволяет обнаружить в нем немало противоречий и несоответствий. Виновными признали себя только трое, включая и Николаева. Но его показания, на которых и держалось все обвинение, расходились с показаниями других обвиняемых. Не подтверждали версии «ленинградского центра» и вещественные улики – дневник Николаева, его записные книжки и прочее. В «Обвинительном заключении» эти материалы названы «фальшивками», составленными в целях «маскировки». Не были опубликованы в печати ни показания обвиняемых, ни текст приговора. Один из военюристов, присутствовавших на процессе, сообщил мне, что Николаев вел себя на судебном разбирательстве иначе, чем на допросе у Сталина. Он признался в умышленном убийстве Кирова по заданию «ленинградского центра» и обличал членов этого центра. Но большинство обвиняемых не признали себя виновными и заявили, что видят Николаева впервые. Это не помешало приговорить всех подсудимых к расстрелу и немедленно привести приговор в исполнение.
Очень важным является свидетельство бывшего работника НКВД Кацафы, который неотлучно дежурил в камере Николаева, пытавшегося покончить с собой. Николаев рассказывал Кацафе об организации чекистами убийства Кирова и о том, что ему обещали сохранить жизнь, если он покажет на ленинградских зиновьевцев как на инициаторов и руководителей террористического акта. Он спрашивал Кацафу – не обманут ли его? Когда на суде был оглашен приговор, Николаев стал кричать и вырываться из рук охраны. Естественно, что Кацафа в 1934 г. не верил ни одному слову Николаева, но в 1956 г. он передал в ЦК КПСС в письменном виде свои свидетельства.
Вскоре после убийства Кирова стали возникать и распространяться некоторые «отвлекающие» версии. В Ленинграде немало говорили о том, что Николаев убил Кирова из ревности, ибо Киров стал якобы ухаживать за женой Николаева. В печати появлялись цитаты из некоторых белоэмигрантских изданий с призывами к убийству большевистских вождей. Но Сталина не устраивали эти версии. Еще в начале следствия Сталин выяснил, кто в Ленинграде занимается делами бывших зиновьевцев, и потребовал дать ему соответствующие данные. В Ленинграде действительно была небольшая группа зиновьевцев, которая иногда проводила полулегальные собрания. Чекисты знали ее состав и просили у Кирова санкции на арест членов этой группы. Но Киров отказался дать такую санкцию, так как не считал эту группу опасной, полагая, что ее можно будет привлечь на сторону большинства партии без репрессий. Весь список зиновьевцев Ленинграда с резолюцией Кирова принесли Сталину из архива НКВД. Имея перед собой этой документ, а также список зиновьевцев Москвы, Сталин сам составил списки «московского» и «ленинградского» центров. По свидетельству бывшего члена КПК О. Г. Шатуновской, оба эти списка сохранились в архивах, с них снимали фотокопии, по ним проводили графологическую экспертизу. Показательно, что Сталин некоторых бывших оппозиционеров записал вначале в «московский центр», а затем перенес в «ленинградский», и наоборот. Все поименованные Сталиным лица были арестованы.