За время своего существования обитель дважды жестоко пострадала: В 1610 году монастырь был разорен сподвижниками Тушинского вора, когда погиб доблестный кн. Волконский и с ним, по преданию, 12 тыс. человек. В 1812 г. монастырь пострадал от французов, которые сожгли много монастырских зданий.
В монастыре 6 каменных церквей.
1.
— пятиглавый, . Время построения его неизвестно. Некоторые относят его к 1467 г., полагая, что это та самая церковь, о которой говорится в житии преп. Пафнутия. Высота церкви 21Внутри храма своды поддерживаются четырьмя столбами с карнизами вверху — два среди храма, а два позади иконостаса. В стенах голосники, а в северной и лестница с узкими окнами. Алтарь трехабсидный.
Иконостас первоначально был сделан по заказу царя Михаила и его супруги Евдокии, греческого письма. Подле иконостаса около входных дверей почивают мощи преп. Пафнутия в деревянной раке, обложенной позолоченным гладким серебром. По сторонам раки четыре пукли, или клейма, с надписями вязью. Над ракой сень на четырех витых деревянных позолоченных столбах. Стены церкви расписаны в византийском стиле[218]
.2.
пристроена с северной стороны к соборной церкви. Как гласит надпись в иконостасе, над северной дверью, храм построен в 1651 г. в. кн. Ириною. При входе в церковь снаружи, по левую руку, имеется в стене камень с надписью, что здесь погребен дядька царя Федора Ивановича, «окольничий Лупп, А. П. Клешнин» († 7106.IV.6).3.
, двухэтажная. О времени построения записей нет. В нижнем этаже кладовые. Наружные стены обведены тройным поясом из кирпича. Кровля шатровая, трехскатная. Живопись в церкви новая, после 1812 г. Трапеза имеет своды готические. Ранее церковь была расписана фресками, остатки которых уцелели только в паперти под колокольнею по стенам, по своду. При этом храме колокольня.4.
, больничная, построена во второй половине XVII в.5.
построена в 1760 г., двухэтажная. В нижнем этаже две палатки, в одной из коих похоронены настоятели монастыря.6.
построена в 1837 г. кн. Н. А. Волконским на гробах предков. На мраморных дощечках, вставленных в стенах, и на плитах в помосте имеются надписи с означением времени, когда кто преставился.Монастырская колокольня в 5 ярусов, выстроена в XVII в. Нижние ярусы — три четырехгранные, а верхние два восьмигранные. Наружные стены испещрены карнизами, валиками и полуколонками. В восьмигранных ярусах под верхними окнами вставлены между валиками в углублениях разноцветные муравленые кафли с барельефными изображениями на них серафимов и разных плодов. На колокольне есть колокол 6996 г. (1488 г.).
Вокруг монастыря идет каменная стена длиною 316