Итак, новое правительство было крайне заинтересовано в лояльных специалистах, а если еще при этом они имели организаторский талант, то заинтересованность увеличивалась в разы. При таких обстоятельствах наш герой оказался в Москве, и, конечно же, его позвали на заседание той самой психиатрической комиссии. Стоит отметить, что психиатры до революции представляли одну из наиболее «левых» групп врачебного сообщества, что выражалось в особом свободомыслии и участии в различных антиправительственных выступлениях. Поэтому достаточно закономерным оказалось, что Русский союз психиатров и невропатологов стал первой общественной врачебной организацией, которая согласилась работать с советской властью. Кроме того, в письме в качестве работников, «достаточно авторитетных в научном и организационном отношении», союз рекомендовал П. П. Кащенко, И. И. Захарова и Л. А. Прозорова.
На совместных заседаниях избранные с членами Совета врачебных коллегий выработали план организации психиатрической комиссии при совете и наметили основные положения, с которых она должна начать свою деятельность:
лечение и попечение всех душевнобольных составляет задачу государства в лице его центральной и местных (городских, губернских, областных и краевых) организаций, при условии строгого согласования и объединения действий;
лечение и попечение о душевнобольных жертвах войны неотделимо связано с общим психиатрическим делом и должно быть в него влито;
для объединения и согласования ведущих психиатрическое дело организаций, ведомств и врачей, работающих в психиатрической области, необходимы съезды, а также консультативный орган — центральная психиатрическая комиссия;
при сохранении тесной связи с общим делом народного здравоохранения, с общими врачебно-санитарными организациями, психиатрическим учреждениям, как центральным, так и местным, должна быть предоставлена широкая самостоятельность в сфере управления и ведения психиатрической части.
Первый пункт означал жесткую централизацию психиатрической помощи и отказ от земских принципов самоуправления. Во втором реализовалась уже упоминавшаяся идея Петра Петровича о ликвидации психиатрической службы в армии. Только спустя годы стала ясна неправильность этого решения.
28 мая 1918 года при Совете врачебных коллегий образовалась Центральная невропсихиатрическая комиссия, председателем которой стал Кащенко. С этого дня начинается высший этап его карьеры в качестве первого в истории руководителя советской психиатрии и неврологии. 10 июля того же года была принята первая Конституция РСФСР, в которой предусматривалось образование Народного комиссариата здравоохранения. Первым наркомом здравоохранения стал знакомый Петра Петровича еще по нижегородскому периоду Н. А. Семашко.
20 июля 1918 года наш герой покидает Сиворицкую больницу и переезжает с семьей в Москву. На плечи 59-летнего Петра Петровича легла ответственность за состояние психиатрической службы в стране, изможденной непрекращающейся войной. Ему предстояло в короткие сроки реорганизовать психиатрическую службу, создать новую систему психиатрической помощи, единую для всей страны. В первую очередь Кащенко вместе с П. В. Ганнушкиным, которого избрали заведующим кафедрой психиатрии Московского университета, начал работу по подготовке новых кадров, ведь после революции страну покинули многие специалисты, в том числе врачи. Советское правительство поддержало эти усилия: для поступающих в вузы был подписан декрет о льготах, согласно которому прием разрешали без полного среднего образования. Студентам тоже старались помочь, насколько это вообще возможно во время войны и разрухи. Для них открывались рабфаки и столовые, им предоставляли общежитие и стипендии, выделяли пайки. Одновременно Петр Петрович собирал сведения о текущем состоянии психиатрической помощи в регионах.
К концу 1918 года невропсихиатрическая подсекция, руководимая Кащенко, приобрела четкую и развернутую структуру, она включала рабочее бюро, организационное, статистическое и эвакуационное отделения, а также совещательную комиссию с несколькими подкомиссиями.