Командир капитан 1 ранга Леонов отправился в госпиталь лишь в конце июля; расхолаживание главной энергетической установки вызвало массу трудностей. Офицеров, знающих и имеющих опыт эксплуатации, было катастрофически мало. Пришлось отыскивать по всему Союзу ранее служивших на подлодках и ушедших в другие организации, училища, НИИ, учебные центры. В Севастополе разыскали братьев-близнецов Придатко - они служили в первом экипаже «К-27», нашли и других. Все, узнав о беде, приехали добровольно.
28 мая, спустя три дня после аварии, уже была назначена правительственная комиссия под председательством заместителя главкома адмирала П.Г. Котова. О том, какое значение придавалось случившемуся, говорит хотя бы состав комиссии: два академика, восемь первых заместителей союзных министров, главные конструкторы и разработчики системы... Итого - 25 человек.
Комиссии предстояло решить и ответить на множество вопросов. Но главными из них были всего два:
Почему произошла авария?
Что делать с аварийной лодкой?
Комиссия работала 40 суток, и большую часть этого времени в ее работе принимал участие и командир. С помощью Леонова хотели уточнить реальную обстановку на корабле в момент аварии и после нее. В результате в акт было записано примерно следующее:
«24 мая 1968 года в Баренцевом море в подводном положении при возвращении подводной лодки „К-27“ в базу проводилась проверка работы ГЭУ на переменных режимах с подъемом мощности до 90 процентов. На реакторе левого борта при достижении нормативных 90 процентов мощность самопроизвольно начала снижаться. Это было зафиксировано приборами. Однако оператор продолжал высвобождать реактивность, поднимая компенсирующую решетку реактора. В данной ситуации делать этого не следовало. Реактор в конечном итоге заглушили, но сгорело до 20 процентов тепловыделяющих элементов реактора и ядерное горючее, обладающее мощной гамма-активностью, уже было разнесено по 1 контуру. Особенно мощную направленность гамма-поток имел в нос и левый борт. Поэтому первыми умерли торпедист и старшина команды штурманских электриков, оказавшиеся в зоне радиоактивного луча.
Команда спецтрюмных, во главе с лейтенантом Офманом и под личным руководством командира БЧ-5 капитана 2 ранга Иванова приступила к необходимым аварийным работам в реакторном отсеке. Произвела переключения в различных системах вручную. В результате все они получили самые мощные дозы облучения и впоследствии некоторые из них умерли. Несмотря на объективные показания корабельных стационарных и переносных дозиметров, аварийная тревога не объявлялась. Впоследствии командир объяснял, что не сделал этого, дабы не создавать паники на корабле. Его учили, что на реакторе „К-27“ не может быть гамма-активности. Так пояснял Павел Леонов.
Начальник химической службы лодки капитан 3 ранга Донченко настойчиво докладывал командиру об угрозе, которая нависла над жизнью людей. Но командир с ним не соглашался и предлагал выбросить за борт „неисправные приборы“. Более того, жизнь на подводной лодке шла обычным чередом: своевременно были проведены и обед, и ужин.
Авария произошла, как считает комиссия, из-за перегорания активной зоны реактора в результате закупоривания окислами ЖМТ проходных отверстий в каналах реактора. А причиной переоблучения личного состава явилась неправильная оценка обстановки командиром корабля, несмотря на настойчивые доклады подчиненных специалистов о наличии радиоактивности».
Комиссия приняла решение оставить субмарину в базе, в Гремихе. Но для этого требовалось усилить биологическую защиту реакторного отсека. С двух областей. Мурманской и Архангельской, и республики Карелия пришлось собирать всю свинцовую дробь.
Участник последнего выхода «К-27» в море, гражданский специалист Виталий Владимирович Новожилов рассказывал: «Из Москвы и Ленинграда группами прибывали ученые, конструкторы, военные специалисты, чтобы на месте осмыслить причины аварии и устранить ее последствия. Подчеркну, что почти все они принимали личное участие в работах, степень риска которых ни у кого из них, людей знающих, не вызывала сомнений. Вспоминаются такие имена: Б. Громов (ныне академик), В. Степанов, К. Карих, А. Назаров, Г. Тачков (брат И. Тачкова, участника похода), В. Акимов, В. Чистяков, Л. Парнев, Л. Ромашков, Ю. Задерман (начальник технического управления СФ, контр-адмирал), Г. Румянцев, С. Придатко, А. Шпаков...
Когда было принято решение изолировать самый опасный район внутри подводной лодки мешочками со свинцовой дробью, тут же встал Вопрос: „А кто будет заносить и укладывать эти мешочки? Роботов таких нет, приспособлений тоже“. (Позже, в Чернобыле, из сбрасывали с вертолетов - Н.М.). Но вопрос сам собой отпал, когда Слава Степанов положил на стол чистый лист бумаги и сказал: „Пиши, первый - Степанов...“. Через несколько минут лист был заполнен».
Почти 15 лет «К-27» простояла в Гремихе. На ней проводили различные технические эксперименты, даже вышли на мощность правым бортом. Потом перебазировали в Северодвинск, чтобы подготовить к затоплению.