Лишь одному казаку удалось вырваться и вернуться в Сибирь. Ермак же, отбиваясь от татар, отступил к реке и попытался спастись вплавь, но тяжелый доспех утянул его на дно, и он утонул 5 августа 1584 года.
Через некоторое время труп славного казака, выброшенный рекой, был найден. Татары узнали его по золотому орлу, которого он носил на груди. Хан Кучум и князья собрались и шумно отпраздновали гибель русского богатыря. Его доспех был отдан служителям культа. Останки разделили между собой татарские мурзы. Наконец, из суеверия они, похоронив его, скрыли место погребения… В дальнейшем русские поставят Ермаку два памятника: один в Тобольске (бывшей Сибири), другой в Новочеркасске.
В Сибири гибель Ермака Тимофеевича и его товарищей повергла всех в горе. Из храбрых покорителей Сибири осталось всего 150 казаков и стрельцов. 15 августа они под командованием атамана Мещеряка покинули страну и вернулись в Россию. Хан Кучум их не преследовал. Он ограничился тем, что вновь вступил во владение своей столицей.
Однако уже в том же, 1584 году, когда царем был уже Федор Иванович, фактический правитель страны Борис Годунов, еще не зная о смерти Ермака, отправил к нему значительные подкрепления. Эти подкрепления встретили отступающего атамана Мещеряка на берегах Туры. Им не удалось вновь овладеть Сибирью, которую хан Сейдяк отнял у Кучума и укрепил. Казаки спустились по Иртышу и в месте, где эта река впадает в Обь, поставили деревянную крепость, острог, остяки атаковали ее, но артиллерия рассеяла их. Разделившись на две группы, казаки позднее основали город Тюмень на берегах Туры (1586) и Тобольск (1587) на месте старой Сибири.
Они продолжили войну против хана Сейдяка, свергнувшего Кучума, и сумели захватить его в плен. К сожалению, в бою погиб атаман Мещеряк. Он был последним из четырех соратников Ермака. Но Сибирь была полностью завоевана царским оружием. Тобольск стал ее столицей. Уже в те времена эта страна ежегодно приносила московскому государю 200 000 соболиных шкурок, 10 000 шкурок чернобурых лис, 500 000 беличьих, не считая горностаевых, бобровых и прочих.
Кучум еще долгое время продолжал сопротивление в Барабинских степях. Его банды грабили и опустошали присоединенные к России территории. Тогда против него послали воеводу Козлова-Массальского, тот разбил Кучума (1 августа 1591 года) и захватил двух его жен и сына, Абдул-Хаира… Старого Кучума оставили предаваться мечтам о былом величии, и казаки начали колонизацию Сибири.
Она была быстрой. Перспектива облагать данью племена, находить золотые и серебряные жилы заставила казаков трудиться без передышки. Они основывали города, строили остроги, организовывали военные посты. История зафиксировала этапы их закладки: Туринск (1608), Томск (1609), Кузнецк (1616), Енисейск (1617–1618), Красноярск (1626), Якутск (1632), Баргузинск (1648), Верхнеудинск (1649), Киренск (1655), Нерчинск (1656), Селенгинск (1666).
В 1627 году они достигли Ангары. Особенно отличились такие последователи Ермака, как Сукин, Мясной, Чулков… В 1636 году казак Елисей Буза спустился по Лене до океана. В 1649 году казацкий командир Ерофей Хабаров с 50 спутниками завоевал огромные территории по Амуру и поставил острог в Албазине. В 1670 году из Нерчинска в Пекин было отправлено посольство, что не помешало в 1685 году разразиться войне между маньчжурами и казаками. Албазин был осажден и выдержал осаду, ставшую легендарной! Тем не менее в 1689 году политика правительницы Софьи потерпела неудачу: Нерчинский договор вынудил ее вернуть китайцам бассейн Амура и разрушить неприступную крепость Албазин.
В 1643 году было открыто озеро Байкал. Завоевание Камчатки произошло в 1699 году. В 1652 году был основан Иркутск, а в 1667-м Катайск и Исетск. Были построены остроги Верхотурье, Березов, Сургут, Обдорск, Нарым, Кетск, Тара…