Той же ночью, в два часа, в Рутерфорде (Нью-Джерси) Бутенко и Иванов предстали перед судьей Теодором Ц. Кискарасом, который огласил обвинение в их адрес и назначил денежный залог – по 100 тысяч долларов за каждого. Затем их отправили в тюрьму округа Гудзон в Джерси-Сити. Утром 30 октября государственный департамент направил ноту протеста главе советской миссии при ООН и потребовал немедленной высылки из США Глеба Павлова, Юрия Ромашина и Владимира Оленева, которые вели шпионаж против Соединенных Штатов. Через сорок восемь часов троица уже была на пути в Москву.
7 ноября федеральный суд, заседавший в Нью-арке, утвердил обвинительный акт против русских дипломатов, в котором они представали соучастниками заговора, но не ответчиками. Сокрушительный удар суд нанес Иванову и Бутенко, недвусмысленно обвинив их в шпионаже.
8 Ньюарке они выслушали обвинение из уст федерального судьи Томаса И. Мини, который отправил их обратно в тюрьму округа Гудзон без права освобождения под залог. С ходатайством не освобождать подозреваемых под залог к суду обратился прокурор Дэвид М. Сатц, мотивировав его соображением, что обвинение, будь оно доказано, не исключает применения смертной казни. А формулировка обвинения, подчеркнул он, может «дать иностранному правительству информацию, касающуюся национальной обороны Соединенных Штатов».
Судья Мини назначил слушание на 15 ноября. В этот день обоим подозреваемым будет позволено ответить на обвинение и подать ходатайства.
На заседании окружного апелляционного суда третьего участка в Филадельфии защитники Иванова и Бутенко сразу выступили с ходатайством об отмене решения о недопустимости освобождения под залог. Суд отверг его. 15 ноября Иванов и Бутенко были доставлены в федеральный суд в Ньюарке. Оба не признали себя виновными.
Во избежание возможных упреков в том, что Иванов не понимает хода процесса, судья Мини настоял, чтобы обвинение было оглашено и по-русски. Переводил его Алексей Козиков из посольства СССР в Вашингтоне. Помощник прокурора США Сенфорд Джаффе предложил начать процесс в январе будущего года.
Но 19 декабря был сделан неожиданный ход. Советское посольство в Вашингтоне представило в окружной суд Ньюарка заверенный чек на 100 тысяч долларов для освобождения Иванова. Слухи об этом ходили уже несколько дней. Акт этот соответствовал крепнущей тенденции улучшения отношений между Советским Союзом и Соединенными Штатами. Правительство США не скрывало своей убежденности, что освобождение Иванова под залог будет воспринято как жест доброй воли. Москва пошла даже на то, что дало гарантию появления Иванова на процессе. Он был отпущен при условии, что не будет покидать пределов Нью-Йорка и Нью-Джерси.
Тем временем Бутенко продолжал томиться в камере. Права выхода под залог он не получил. Затем последовал еще один неожиданный ход. Окружной судья Энтони Т. Огелли потребовал, чтобы Бутенко был направлен в «соответствующее федеральное учреждение», чтобы определить, позволяет ли состояние его психики предстать перед судом.
Как это ни странно, такое ходатайство по поводу Бутенко было внесено Стивеном Маскалерисом, его защитником. Ходатайство основывалось на свидетельстве двух врачей, которых Маскалерис попросил осмотреть его клиента. Бутенко с такой яростью отреагировал на это, что тут же отказался от услуг своего защитника: он решительно не хотел проходить экспертизу.
Привычная рутина отсрочек, связанная со сбором доказательств и подготовкой к столь масштабному процессу, вынуждала постоянно откладывать дату его начала, которая в конце концов была отнесена на осень 1964 года.
Помощник прокурора Джаффе предвидел долгие и сложные судейские баталии, которые продлятся не менее месяца. Он правильно оценил уровень их сложности, но что касается их продолжительности, ошибся ровно наполовину. Суд длился два месяца.
Он начался 5 октября 1964 года в федеральном суде Ньюарка под председательством судьи Огелли. Предстояло из пятисот кандидатов выбрать состав суда присяжных. Поскольку все помнили недавнее решение суда в Бруклине не выдвигать обвинения против Александра Соколова и его жены, вопрос, не поступит ли правительство точно так же и в истории с Бутенко и Ивановым, продолжал висеть в воздухе. Согласится ли правительство представить домашние адреса тайных агентов, которых обвинение предполагает вызвать свидетелями против Бутенко и Иванова?
Реймонд А. Браун из Джерси-Сити, новый адвокат Бутенко, и Самуэл Ларнер из Ньюарка, защищавший Иванова, пообещали, что потребуют полной информации о домашних адресах свидетелей. Более того, оба юриста дали понять, что потребуют отсрочки процесса, ибо сомневаются, что их клиентов ждет справедливое и беспристрастное рассмотрение дела, поскольку общественное мнение резко возмущено провалом процесса в Бруклине.