Случай проверить ДДТ в реальных условиях не заставил себя долго ждать. В октябре 1943 года в Неаполе случилась тяжелая вспышка тифа, обычные меры по спасению города оказались совершенно бесполезными. Было принято решение срочно использовать новое средство — ДДТ. В течение нескольких дней больше миллиона человек прошли обработку инсектицидом, после чего всего за три недели эпидемия тифа была полностью остановлена. Это был первый случай в мировой врачебной практике, когда эпидемия тифа была взята под контроль в зимний период. Новый порошок отлично зарекомендовал себя, и с его помощью быстро останавливались зарождающиеся эпидемии и в других местах. Широкое распространение ДДТ получил в войсках союзников, поскольку одной из особенностей препарата была его невероятная стабильность: даже однократное распыление инсектицида очищало от насекомых окопы, одежду и казармы на несколько месяцев.
Через четыре года после окончания Второй мировой войны на церемонии вручения Нобелевской премии профессор Г. Фишер вспомнил курьезный случай, который, возможно, лучше долгих объяснений продемонстрировал, насколько ДДТ был действенным средством: «В 1945 году я встретил английского майора в Германии, который рассказал мне, что для борьбы с мухами, которые ему сильно досаждали, он обрызгал раствором ДДТ окно в своей комнате. После того как раствор ДДТ был распылен, мухи погибли и лежали кучками на подоконнике. На следующее утро, когда майора не было, дежурный солдат вошел в комнату и тщательно вымыл окно. Когда же майор заметил, что окно чистое, он не мог удержаться от слез. „Прощай, мой ДДТ!“ — воскликнул он. Но это прощание было неуместно. Несмотря на тщательную очистку, оконное стекло сохранило свое смертоносное действие, и мухи продолжали погибать, лишь коснувшись его». Эта маленькая история наглядно проиллюстрировала стойкость ДДТ и его высокую эффективность даже в небольшой дозировке.
На протяжении последующих десятилетий не имеющая себе равных ценность ДДТ как инсектицида подтверждалась снова и снова, особенно при его использовании для контроля эпидемий. Начав применять ДДТ в 1940-х годах, за несколько лет Африка была полностью освобождена от малярии. Это вещество предотвращало возникновение эпидемий малярии в Австралии, Тайване, Индии, странах Карибского бассейна.
По оценкам Национальной академии наук США, за время широкого применения препарата ДДТ спас 500 миллионов жизней от инфекционных заболеваний, переносимых насекомыми.
Успешное применение ДДТ во время войны для борьбы с малярией и сыпным тифом сделало Мюллера одним из основных кандидатов на Нобелевскую премию по физиологии и медицине, которую он и получил «за открытие высокой эффективности ДДТ как контактного яда». В своей речи на церемонии награждения Пауль Мюллер определил главные свойства идеального инсектицида: высокая эффективность против насекомых, быстрое начальное действие, отсутствие токсичности для теплокровных и растений, отсутствие раздражающего эффекта, широкий спектр действия, продолжительный период защиты и низкая цена. Согласитесь, определение Мюллера до сих пор звучит актуально.
В компании «Джи Эр Гейги» Мюллер проработал до 1961 г., а последующие четыре года трудился в частной лаборатории, которую оборудовал в своем доме.